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由于不同类型的微生物对消毒剂的抵抗力不同，某种致病菌可能不能被杀灭而大量繁殖。因此，养殖场日常的预防性消毒要针对本地常发疫病、易感畜禽种类及流行特点等因素，通过综合分析制定消毒计划，在饲养过程中多备几种不同类型及功能的消毒剂，坚持定期进行轮换交替使用。
在受到疫病威胁或发生疫病时，则应根据具体情况及时制定临时消毒计划，有针对性地选用消毒剂和消毒方法，及时选用和更换最佳的消毒产品，以达到最佳消毒效果。
选用消毒剂时可适当考虑药物配伍，良好的配方能显著提高消毒的效果。例如，季铵盐类消毒剂用70%乙醇配制，比用水配制穿透力更强，杀菌效果更好;戊二醛和环氧乙烷联合应用具有协同效应，可提高消毒效力;另外用甲醇、丙二醇等具有杀菌作用的溶剂配制消毒液时，常可增强消毒效果。
配制消毒剂时要特别注意配伍禁忌，不能随意混合使用。由于消毒剂的性质不同，混合使用容易使相拮抗的两种成分发生化学反应，可能使效果削弱甚至失去消毒作用，有些消毒剂在混合使用时还会形成有害气体等。如酸性制剂会与碱性制剂中和，漂白粉不能与硼酸、盐酸配伍，新洁尔灭不能与碘、碘化钾、过氧化物配伍。
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