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霉菌毒素的影响几乎所有的霉菌毒素都对免疫系统有破坏作用，使猪的免疫系统不足以抑制病原体的侵害，为疾病的发生创造了有利条件；霉菌毒素能导致猪产生免疫抑制，引起免疫失败，导致疫病传播。
免疫抑制性疾病的影响常见疾病如猪繁殖和呼吸道综合征(PRRS)及圆环病毒等在猪群存在，会产生免疫抑制，使猪的免疫力下降，肌体对猪瘟疫苗的免疫应答下降，造成免疫失败。
免疫程序不合理免疫程序的关键是排除母源抗体干扰，确定合理的首免日龄。有的猪场忽视本场的实际以及猪个体的差异，采用同一个免疫程序来进行免疫，如在母源抗体效价尚高时接种疫苗，即会被母源抗体中和掉部分弱毒，阻碍疫苗弱毒的复制，子猪就不能产生坚强的主动免疫力。
疫苗免疫剂量不足对于那些处于半免疫状态的临床感染的猪(无临床症状)，若此时仅接种1头份猪瘟活疫苗，非但不能产生免疫力，反而刺激引发非典型猪瘟。
疫苗质量问题疫苗的运输、保存、使用不当，会影响免疫效果。猪瘟冻干苗应在低温条件下运输和保存，稀释后应立即使用，不能存放过久。此外，操作过程中的失误，如用失真空的疫苗或超过有效期的疫苗，注射时消毒不严，造成潜伏期病毒的传播等，都会影响疫苗的免疫效果。另一方面，不法厂家私自制造一些质量没有保证的猪瘟疫苗，兽医从业人员的素质水平普遍较低，使猪免疫失败和患隐性猪瘟的猪增多。
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