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霉菌毒素是一些霉菌在基质上生长繁殖过程中产生的有毒次级代谢产物。霉菌产毒仅限于少数产毒霉菌的部分菌株。不同的霉菌可产生同一种霉菌毒素，而一种霉菌可产生几种霉菌毒素。
霉菌根据生长条件划分为田间霉菌和仓储霉菌两种。田间霉菌是指镰孢菌属、青霉菌属和麦角菌属等野外菌株，这类霉菌通常是谷物在生长过程中就已感染。仓储霉菌主要是指饲料或原料在储存过程中产生的霉菌，以曲霉菌属为主。
黄曲霉毒素
黄曲霉毒素主要是曲霉菌产生的，其他曲菌、放线菌、镰孢霉菌和青霉菌也能产生黄曲霉毒素。所有动物均对黄曲霉毒素敏感，不过不同动物的敏感性差异较大。在家畜中以仔猪最为敏感。低浓度的黄曲霉毒素污染导致采食量下降、饲料转化率降低和引起机体的免疫抑制。母猪饲喂黄曲霉毒素污染严重的饲料，毒素会通过母乳传播而造成仔猪生长迟缓甚至死亡。此外，黄曲霉毒素还会干扰肝脏的解毒功能以及损害免疫系统。
赭曲霉毒素
赭曲霉毒素是由赭曲霉菌等所产生的一种毒素，分为A、B两种类型。赭曲霉毒素A的毒性较大，主要侵害猪的肾脏和肝脏。赭曲霉毒素可以造成猪的精神沉郁，食欲减退，体重下降，消化功能紊乱，肠炎，甚至腹泻，脱水多尿，伴随蛋白尿和糖尿。妊娠母畜子宫黏膜出血，往往发生流产。中毒后的病理变化以肾脏为主，可见肾脏肥大，呈灰白色，表面凹凸不平，有小泡，肾实质坏死，肾皮质间隙细胞纤维化；近曲小管功能退化，肾小管通透性变差，浓缩能力下降。
呕吐毒素
呕吐毒素属于单端孢霉烯族化合物，主要由禾谷镰刀菌、尖孢镰刀菌、串珠镰刀菌等镰刀菌产生。其危害主要是造成猪只的呕吐，同时降低采食量。呕吐毒素也属于一种很强的免疫抑制剂，它在猪体内可以抑制蛋白质的合成，对快速生长的组织（如皮肤和黏膜）和免疫器官均可产生影响，降低猪群的抵抗力。
玉米赤霉烯酮
玉米赤霉烯酮（F2毒素）由禾谷镰孢霉菌产生，是具有类似雌激素作用的霉菌毒素，临床症状因感染剂量和年龄不同而异。玉米赤霉烯酮对猪影响最大的部位是生殖系统。较低的浓度会诱发女性化现象，较高浓度会干扰排卵、受孕、植入及胚胎的发育。可造成后备母猪或小母猪出现假发情和阴道脱垂或脱肛。该毒素会造成怀孕母猪的流产和死胎、初生仔猪出现八字腿及外阴部肿胀。
T-2毒素
T-2毒素由念珠球菌属产生，可以直接损伤皮肤和黏膜。对猪造成的危害主要表现为厌食、呕吐、生长停滞、瘦弱、皮肤及黏膜坏死、胃肠机能紊乱、繁殖和神经机能障碍和免疫机能降低。此外，还能通过影响DNA和RNA的合成、阻断翻译的启动而影响蛋白质合成，且T-2毒素会引起胸腺萎缩，肠道淋巴腺坏死；破坏皮肤黏膜的完整性。抑制白细胞和补体C3的生成，从而降低机体免疫机能。
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