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鸡种蛋的整个孵化期中，鸡胚胎的死亡有两个高峰期:一是在孵化前期，即入孵第4-5天；二是孵化后期，即入孵第18-20天。尤其在后期死亡率更高。第一个死亡高峰期正是胚胎生长迅速、形态变化显著的时期，胚胎对外界环境的变化很敏感，稍有不适则易造成胚胎的死亡。第二个时期胚胎正转入肺呼吸时期，生理变化剧烈，需氧量增加，胚胎温度增高，若通风换气不良，散热不好，则易造成胚胎死亡。如死亡比例较大，则应分析原因，及时解决。
影响胚胎发育有内部和外部原因，包括种蛋的内部品质、种蛋保存和孵化条件。
前期死亡过高主要是种蛋品质不良，它又决定于种鸡的营养水平和健康状况。如种鸡饲粮缺乏维生素A、维生素B2，种鸡患病等；种蛋保存时间过长，保存条件不当；孵化温度过高，翻蛋不够等。
中期死亡除了种鸡饲粮不完善、种蛋管理不良外，主要由于孵化条件不当所致。如孵化温度过高、通风不良等；翻蛋不当，造成胚胎粘连，胎膜发育不良。
后期死亡过高同样是由内部和外部因素造成，孵化条件特别是孵化温度高影响更为严重，而孵化温度低则造成胚胎极度衰弱，通风不良则易造成胚胎的窒息。出雏时高温高湿且通风不良，易使胚胎呈畸形，生活力降低，啄壳无力，导致死亡。通过照蛋、转盘、出雏和清理死胎等各个环节的工作检查，分析胚胎死亡的原因。
孵化不良原因分析见下表：
| 原因 |
头照 |
二照 |
死胎 |
初生雏 |
| 维生素A缺乏 |
无精蛋多，死胎率高 |
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肾脏器官有盐类沉淀物，眼睛肿胀 |
带眼病的弱雏多 |
| 维生素D缺乏 |
死胎率略有提高 |
死亡率显著提高 |
胚胎有营养不良的特征 |
出壳拖延，初生雏软弱 |
| 核黄素缺乏 |
— |
死亡率增高，蛋重损失少 |
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雏鸡脚和颈麻痹，绒毛卷起 |
| 前期过热 |
发育不好，有充血、溢血和异位现象 |
异位，心、肾和肝变形 |
异位，心、肾和肝变形 |
出壳早 |
| 后半期长时间过热 |
— |
啄壳较早 |
很多胚胎破壳后死亡，蛋黄未吸收，肠和心脏充血，心脏缩小 |
出壳较早，但拖延时间较长，雏鸡小，绒毛粘着，脐带愈合不良 |
| 温度不足 |
生长发育非常迟缓 |
生长发育非常迟缓，气室边界齐平 |
尿囊充血，心脏肥大，肠内充满蛋黄和粪 |
出壳晚而拖延，幼雏不活泼，脚站立不稳，腹大有时下痢 |
| 湿度过大 |
— |
气室边界齐平，蛋重损失少，气室小 |
啄壳时喙粘在蛋壳上，嗉囊、胃和肠充满液体 |
出壳晚而拖延，绒毛粘连，腹大 |
| 湿度不足 |
死亡率高，充血并粘连蛋壳上 |
— |
外壳膜干而结实，绒毛干燥 |
出壳早，绒毛干燥，发黄，有时粘壳 |
| 通风不良 |
死亡率增高 |
在羊水中有血液，内脏气管充血及溢血 |
在蛋的锐端啄壳 |
— |
| 翻蛋不正常 |
蛋黄粘于蛋膜上 |
再尿囊之外有剩余的蛋白 |
— |
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