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消毒是杜绝传染源并确保猪群健康的一项重要措施，通常可分预防性消毒和疫源性消毒。前者是指无传染病发生时，对畜舍、用具、场地、饮水等进行消毒，后者是在发生传染病时及发生传染病后，为控制病原的扩散对已造成污染的环境、畜舍、饲料、饮水、用具、场地及其他物品进行全面彻底的消毒。
消毒的步骤：①机械性清扫，②用化学消毒液消毒。
机械性清扫是通过清扫、冲洗、洗刷等一系列搞好畜舍环境卫生方法，可使畜舍微生物污染程度大大下降。在清扫和冲洗后再用化学药物进行消毒，可达到预期消毒目的。
猪场常用消毒药的使用：
a、氢氧化钠(烧碱、火碱、苛性钠)：对细菌、病毒均有强大灭菌力，对细菌芽孢、寄生虫卵也有杀灭作用。常配成2-3%的溶液，用于出入口、运输工具、空栏、料槽等的消毒。腐蚀性强，使用时要小心，勿溅到工作人员身上，尤其是眼睛和手。
b、生石灰：主要成分是氧化钙，遇水生成氢氧化钙，起到消毒作用。其消毒作用不强，只对大部分繁殖型细菌有效，对芽孢无效。使用时，先将生石灰与水按1：1的比例，制成熟石灰，再用水配成10-20%的混悬液用于消毒。石灰乳宜现用现配。
c、过氧乙酸：过氧乙酸为强氧化剂，对细菌、病毒、霉菌和芽孢均有杀灭作用，作用快而强。常用0.3-0.5%的溶液用于地面、墙壁消毒，也可用于空栏熏蒸消毒，一般按每立方米1-3克，稀释成3-5%溶液，加热熏蒸(室内相对温度60-80%)，禁闭门窗1-2小时。过氧乙酸对皮肤、粘膜有腐蚀作用，高浓度时加热至60℃能引起爆炸，使用时要当心。过氧乙酸很不稳定，配制好的溶液只能保存几天，宜现配现用。市售制品为20%、40%溶液，有效期为半年。
d、福尔马林(40%甲醛)：福尔马林为强大的广谱杀菌剂，能迅速杀灭细菌、病毒、芽孢、霉菌。福尔马林在实际中广泛用于空猪舍熏蒸消毒，即每立方米空间15-30毫升加等量的水加热蒸发，或加高锰酸钾(其与福尔马林的比例为3：5)氧化蒸发；也可用2-4%的福尔马林溶液进行地面、墙壁、用具消毒。由于熏蒸必须有较高的温度和湿度，故在熏蒸前要喷水增湿。
e、菌毒灭：菌毒灭是我国生产的一种新型广谱、高效的复合酚类消毒剂，在有效稀释浓度内对人畜无毒、无害。主要用于带猪环境消毒，常用预防消毒浓度0.3-0.5%，病原污染的场地消毒浓度1%。使用时应注意严禁用喷洒农药的喷雾器，严禁与碱性药品或其他消毒液混合使用，以免降低消毒效果或引起意外。
f、百毒杀：百毒杀为双链胺盐类消毒剂，安全、高效、无腐蚀、无刺激，消毒力可续10-14天。常用于有猪圈舍、环境、用具等的消毒(浓度0.01-0.03%)和饮水消毒(0.005-0.01%)。
消毒方法：
畜舍消毒：全进全出的猪场，在引进猪群前，空猪舍要进行彻底消毒。包括：粪便、垫料、污物的清除及无害处理(如发酵、烧毁等)；地面、墙壁、门窗、饲糟、用具等进行冲洗或洗刷；畜舍干燥后，用消毒药液喷洒消毒，选择药液浓度可按说明书规定浓度适当提高0.5-1倍，消毒后最好关闭门窗，24小时后开窗通风。畜舍消毒，如菌毒敌、过氧乙酸、福尔马林、氨水均可选择。对于种猪舍，可采用0.05%的过氧乙酸或0.5%的强力消毒灵等喷洒消毒，猪群可不必转移。污水可按每升加2-5克漂白粉消毒。
用具的消毒：食糟、饮水器、载运车辆等除每天刷洗外，定期用0.1%新洁尔灭、强力消毒灵或抗毒碱等消毒。
臭氧消毒技术：1、对于密闭性好的猪舍，将臭氧冲注到舍内；2、制成臭氧水，喷淋消毒。这是一种新型的消毒技术，没有二次污染，需要臭氧制备设备。
杀虫：
首先做好消灭蚊蝇工作，可选用敌百虫、敌敌畏、倍硫磷等杀虫药。敌百虫可用0.1%水溶液喷洒，倍硫磷可用0.05-0.5%的浓度，敌敌畏杀虫效果好，但应注意对人畜的毒性。
灭鼠：
首先对畜舍、饲料库等场所应注意做到防鼠的要求。特别对饲料的保藏处要杜绝有鼠的进出。灭鼠药的选用要选择诸如敌鼠钠盐、安妥等对人、畜毒性低的毒鼠药。常用0.05%毒饵，与谷物混匀。毒饵应置对人、畜均安全之处。
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