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隐孢子虫属原生动物门，复顶亚门，孢子虫纲，真球虫目，艾美耳亚目，隐孢科，隐孢属。
贝氏隐孢子虫：卵囊的大小平均为6.3µm×5.1µm(大小范围为6.64～5.2µm ×5.6～4.64µm)，卵囊指数为1.24，呈卵圆形，卵囊壁光滑，无色，厚度为0.5µm。无微孔、极粒和孢子囊。孢子化卵囊内含有4个裸露的香蕉形子孢子和1个颗粒状的残体。经人工感染试验证明，贝氏隐孢子虫可感染鸡、鸭、鹅和鹌鹑等多种禽类，并能引起严重的呼吸道疾病。虫体主要的寄生部位为呼吸道、法氏囊和泄殖腔粘膜的上皮细胞表面。
火鸡隐孢子虫：卵囊的大小平均为4.72µm×4.01µm(大小范围为5.2～4.0µm×4．16～3.84µm)，较贝氏隐孢子虫小，近似于球形。卵囊壁光滑，无色，厚度约0.5µm。无微孔、极粒和孢子囊。孢子化卵囊内含有4个裸露的香蕉形子孢子和1个大的颗粒状的残体。经人工感染试验证明，火鸡隐孢子虫可感染鸡、火鸡和鹌鹑。寄生部位为十二指肠、空肠和回肠，它可引起家禽的腹泻。
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