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可供选用的不同消毒剂产品：
甲醛 - 用来进行熏蒸。理论上也可用于其它三种方法。价格低廉，并且非常有效。但缺点是会对人、畜健康构成威胁（会对人的皮肤和粘膜产生刺激，造成呼吸问题、哮喘、过敏，且有致癌作用）。墙壁上的残留可保持数天时间。伤害作用具有累加性。从现代的健康和安全角度来看，这种方法值得商榷。这种方法显然不能用于带猪消毒。
戊二醛 - 其效果和副作用与甲醛相似。唯一的区别是，这种消毒剂没有刺激性气味，这一点使它比甲醛更危险。
戊二醛－季氨混合物 - 这种消毒剂效果比单用戊二醛差，单仍有很高的毒性。效果不是很好，又不是很安全，所以很少用。
Virkon S - 这是一种增效过氧化剂溶液。试验证实，这种消毒剂对猪的各种病原具有广泛的杀灭效果。而且对人、畜来说，这种消毒剂都没有任何危害。因此，这种消毒剂既可用于消毒程序中最后的空气消毒，也可用于带猪消毒。
英国农林渔业部（MAFF）认证的功效表
下表显示MAFF对三种消毒剂所做的功效评价结果。从该表可以看出，Virkon－S的功效最强。
产品 / 疾病口蹄疫猪水疱病
甲醛1:91:9
戊二醛 / 季氨1:80未经证实
Virkon S1:13001:200
哪种方法最好？
这个问题的答案因具体情况而异。各种方式都有其使用的情景。
喷雾适用于较效的房间或畜舍，以及灰尘问题严重的畜舍。可带猪进行。
汽雾更适用于宽大、较高的猪舍。雾滴较小，悬停时间长。这种方法也适于带猪消毒。
熏蒸只能用于空舍消毒。价格低廉，消毒彻底。主要的缺点是所用消毒剂会对健康构成明显威胁（例如：甲醛）。
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