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为做好重大动物疫病防控工作，农业部高度重视防控科技工作，积极组织国家参考实验室等单位开展重大动物疫病新型疫苗和诊断技术研究开发工作。经过广大科研人员艰苦努力，多种新型重大动物疫病疫苗及诊断试剂相继研制成功，并已大面积推广使用，对我国乃至世界禽流感等重大动物疫病防控起到了积极推动作用。有关国际组织对我国禽流感防控工作在全球和区域发挥的作用及我国疫苗科研水平给予了高度评价。
我国拥有H5N1和H5N2两种H5亚型禽流感灭活疫苗的完全自主知识产权，并实现产业化生产，减少和挽回经济损失318亿元。“十五”时期，中国农科院哈尔滨兽医研究所研制出以禽流感疫苗为代表的一批动物疫苗，为全国畜牧业生产做出特殊贡献。目前已研制出的国际上最新型H5N1基因重组禽流感灭活疫苗，集良好的生物安全性、抗原匹配性和鸡胚适应性于一身，免疫效力更强，成为世界上第一个大规模应用的基因工程禽流感疫苗，也是目前唯一证实可诱导水禽产生有效免疫保护的禽流感疫苗。它不仅优于原有的H5N2疫苗，而且优于目前所有传统方法研制的H5亚型禽流感疫苗，为未来流感疫苗的研制提供了新的思路。2005年10月，中国农科院又在国际上首次研制出禽流感-新城疫重组二联活载体双价疫苗。该疫苗可以收到一次免疫预防两种重大禽病的效果，其安全性更高、使用更方便,成本更低廉。该疫苗的推广应用，将大大提高我国高致病性禽流感防控工作的水平。
2006年6月，国家禽流感参考实验室疫苗研制和诊断技术研究取得新突破，三种新型禽流感疫苗和一项禽流感诊断技术研制成功。新研制成功的三种疫苗分别是新型禽流感（H5N1）标记灭活疫苗、密码子优化H5亚型HA基因禽流感DNA疫苗和禽流感重组亚单位疫苗，其中新型禽流感（H5N1）标记灭活疫苗为国际首创，该疫苗可经血清学方法区分自然感染和疫苗免疫产生的免疫反应，高效安全。这三种疫苗联合使用，优势互补，将为我国根除高致病性禽流感提供坚实的技术保障和物质保障。新研制成功的H5亚型禽流感快速诊断免疫试纸条，在现场条件下，仅用十几分钟，即能快速检测出H5亚型禽流感病毒。国家口蹄疫参考实验室科研人员经过艰苦努力，成功完成口蹄疫三价灭活疫苗实验室研究工作，经试验证实，具有良好的安全性和免疫效果。与传统疫苗相比，三价灭活疫苗具有如下优越性：一是制苗用毒株特性优良，免疫原性好，抗原谱广，对实验动物和制苗材料具有良好适应性；二是效率更高，一次接种可同时预防3个血清型口蹄疫病毒的侵袭；三是减少应激反应，与现有疫苗相比，应用三价疫苗免疫可避免多次注射，减少因多次注射引起的应激反应。
2007年4月，中国动物疫病预防控制中心、中国兽药监察所科研人员研制出新型高致病性猪蓝耳病灭活疫苗，实验室保护率超过80%，为高致病性猪蓝耳病的防控工作提供了有力的支撑。
我国正全面进行重大动物疫病（包括人畜共患病和新的疫病）的生物高技术疫苗和诊断试剂的研究，同时研制开发与疫苗相配套的重要畜禽疫病诊断试剂盒、快速诊断试纸条、新型疫苗佐剂、耐热冻干保护剂等，推出一批具有国际竞争力的产品，建立起流行病学数据库、疫苗毒种库和疫情信息库，进而发展疫情预警预报和咨询系统，使动物疫病监测与控制技术系统化、集成化、信息化。
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