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根据公、母兔间的亲缘关系进行选配，称之为亲缘选配。按照亲缘关系来分析，公、母兔的交配可分为亲缘交配和非亲缘交配两种，一般认为在7代以内有亲缘关系的种兔间交配，为亲缘交配，而7代以外的亲缘关系，因为代数太远的祖先对后代的影响极为微弱，可以忽略不计，所以算作非亲缘交配。由于亲缘交配在育种工作中有重大的影响，所以下面着重讨论这些内容。
①亲缘程度的计算。亲缘交配在育种实践中起有正、反两方面的作用。从正面而言，由于有亲缘关系的种兔间在遗传结构上的相似性要比没有亲缘关系的种兔间大得多，所以在有亲缘关系的公、母兔间进行同质选配，能使所需要的性状在后代中迅速巩固，因而在培育新品种、新品系的过程中都要采用不同程度的亲缘选配。但是，不恰当地使用亲缘交配往往会产生不良后果，为了在种兔间正确使用亲缘交配，首先要掌握计算与配公、母兔之间亲缘程度的方法。
家兔亲缘交配的程度主要由与配公、母兔之间的亲缘关系所决定的，例如家兔中的父与女、母与子或同胞姊妹间的交配，因为它们间的亲缘关系近，所以亲交的程度就高;而曾祖代与曾孙代间的交配，因亲缘关系远些，所以亲交程度也就低些。
②近交衰退现象。近交衰退，是对近交后产生各种不良现象的总称，这些不良现象包括抗病力和存活力下降、仔兔在胚胎期或出生后死亡率增长、畸形兔的出现、生长发育缓慢以及繁殖力和生产性能降低等。
③近交衰退的防止。正如前面已叙述过的，亲缘交配能迅速巩固性状的遗传性，因此它是育种中不可缺少的手段;但是在使用得不恰当的情况下，往往会发生近交衰退现象，给养兔生产上带来一定的损失。根据育种实践经验，克服近交衰退的方法有下列4点。
a.加强育种计划，控制近交的使用。在育种过程中，为了迅速巩固某些优良性能时才允许采用亲缘交配，除此以外，必须严格控制使用。
b.建立严格的选择和选配制度。在近交过程中，很容易使遗传上的缺陷暴露出来，这在表型上表现为品质低劣，甚至出现畸形。这种个体不仅没有饲养价值，而且留在兔群中还会扩散这些遗传上的缺陷，尤其是选择这种个体再作近亲繁殖，就会产生更为严重的近交衰退现象。在实行近亲交配时，一定要选择体格健壮、性能优良的公、母兔，对那些体质衰弱、发育不全、生产性能不高以及具有相同缺点的公、母兔，千万不能用作近交的对象。坚持严格淘汰制度。当然，近交产生的个体对饲养管理条件的要求较高，故应加强饲养管理，以使近交带来的不良影响暂时不表现出来。
c.保持一定数量的基础群。为了避免被迫采用近亲交配，在种兔场内必须保持有一定数量的基础群，特别是种公兔的数量上。在一般规模的种兔场内，种公兔至少在10只以上，而且应注意这些种公兔之间应该保持较远的亲缘关系。有的场内虽然种公兔也很多，但是追查它们的系谱，却基本上来自一个系统，这样仍然会发生不必要的近亲交配。所以，对那些基础群不大、种公兔又缺少的种兔场，在必要时可有计划地向其他种兔场引进优良种公兔的精液，来丰富本场种兔的遗传结构。一般规模的种兔场内至少要有10只左右保持远亲缘关系的种公兔。
d.加强亲缘选配计划。在种兔群内以种公兔为中心，选择适当的与配母兔使之形成一些“系”，并使“系”与“系”之间保持较远的亲缘关系。以后可以有计划地利用这些“系”间的交配，以避免不恰当的亲交。
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