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纳米孔测序技术
在口蹄疫病毒检测中的应用
Emma Brown，Graham Freimanis，Andrew E Shaw，Daniel L Horton，Simon Gubbins，David KingPMID：34079833 PMCID：PMC8165188 DOI：10.3389/fvets.2021.656256病毒基因组测序数据可以用于毒株鉴定、疫情追踪、根据流行毒株选择最适疫苗，为口蹄疫（FMD）疫情防控提供了重要的数据支撑。目前，口蹄疫病毒（FMDV）测序仍然依赖于将样本送至有条件的实验室，过程较为耗时。牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies）生产的MinION便携式测序仪将在距离疫情发生地更近的偏远分散实验室进行测序变为可能。
本研究评价了MinION在临床样本中检测FMDV O、A、Asia 1血清型的有效性。在测序之前，先使用通用两步RT-PCR法从三种样本（细胞培养上清液、舌上皮悬浮液和口腔拭子）中扩增FMDV RNA的5'UTR、先导区、衣壳区和2A编码区，然后将得到的序列与Illumina MiSeq平台上生成的参考序列进行比较。结果显示，细胞培养上清液和舌上皮悬浮液在测序开始10分钟和30分钟内即可获得准确度100%的一致序列。相比之下，口腔拭子需要2.5小时。
以上结果表明，MinION测序仪可从多种样本中准确、快速地鉴定不同FMDV血清型。
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34079833/
C型口蹄疫病毒的历史：
第一个已知的灭绝血清型？
David J Paton，Antonello Di Nardo，Nick J Knowles，Jemma Wadsworth，Edviges M PitucoPMID：35186323 PMCID：PMC8102019 DOI：10.1093/ve/veab009口蹄疫（FMD）是由口蹄疫病毒（FMDV）感染偶蹄动物引起的一种高度传染性动物疫病。目前，已发现7种FMDV血清型，不均匀散布于亚洲、非洲、南美洲等地。尽管防控口蹄疫仍面临重重挑战，但自1996年以来，只在巴西和肯尼亚（2004年）发生过两起C型FMD疫情。本文介绍了C型FMD的历史分布、起源及消失历程。
20世纪20年代，C型FMDV首次出现于欧洲，但与O型和A型FMDV相比，C型比较少见。自1990年停止接种疫苗至今，欧洲没有暴发过C型FMD疫情。据推测，FMDV于19世纪从欧洲传入南美洲，与欧洲一样，C型FMDV在南美洲的分布范围较小，引起的疫情也较少，直至2004年亚马逊地区检测到四次小型疫情，南美洲才报告了首起C型FMD疫情。20世纪50年代至70年代，C型FMDV传入亚洲，在印度次大陆持续和演变了几十年，在菲律宾持续和演变了十八年。1957年至2004年间，C型FMDV在东非传播。欧洲和肯尼亚暴发的许多C型FMD疫情均与疫苗株密切相关，包括2004年最新发现的肯尼亚分离株。尽管每年有2 000多份临床报告提交到参考实验室，但15年来，在全球范围内尚未确认任何C型FMD病例。
未来建议继续加强流行地区的FMD监测，停止C型FMD疫苗接种，同时减少实验室中相关病毒的研究工作，因为试验活动引发的病毒泄露可能是C型FMDV再次出现的最大风险。
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35186323/
基于空间多准则决策分析的
中国大陆口蹄疫风险区评估
Wang Haoran，Xiao Jianhua，Ouyang Maolin，Gao Hongyan，Bie Jia，Gao Li，Gao Xiang，Wang HongbinPMID：34872574 PMCID：PMC8647368 DOI：10.1186/s12917-021-03084-5口蹄疫（FMD）是一种传染性极强的偶蹄动物病毒性疾病。作为一种跨界动物疾病，FMD的防控十分重要。本研究基于空间多标准决策分析（MCDA）评估了中国大陆地区的口蹄疫风险区域，即通过评分确定10个风险因素，并使用层次分析法（AHP）计算所有因素的标准权重。最后在中国大陆确定了四大风险区，包括西部（新疆和西藏部分地区）、南部（云南、贵州、广西、四川和广东部分地区）、北部（甘肃、宁夏和内蒙古部分地区）和东部（河北、河南、安徽、江苏、山东部分地区）。春季是口蹄疫的高发季节。风险区域与之前暴发点的距离、放牧区和牛密度有关。受试者工作特征曲线（ROC）分析表明风险图具有良好的预测能力（AUC=0.8634）。
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34872574/
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