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抗菌药物包括抗生素类、磺胺类、呋喃类及中草药等药物，是兽医临床使用最广泛和最重要的抗感染药物，多年来,在控制畜、禽传染性疾病方面发挥了很大作用,解决了很多畜牧业生产中存在的问题。但随着抗菌药物的广泛应用，在取得防治作用的同时，也带来了许多如毒性反应、过敏反应、二重感染、细菌耐药性的产生、消化障碍、影响免疫力等新问题,因此,在应用抗菌药物时必须考虑做到合理应用，以最大限度的防止或减少不良反应的发生。
一、严格掌握抗菌药物的选用原则
1.根据适应症选择药物
首先要确诊病例，准确判断出致病微生物是属于G+菌还是G-菌或两者混合感染，再根据致病微生物对抗菌药物的敏感程度决定其首选和次选药（有条件的最好作药物的敏感性试验，通过药敏试验选用高敏药物)。在通常情况下可优先考虑使用中草药，尽可能的不用或少用抗生素类药物。
当送用抗生素时，应结合临床诊断、致病微生物的种类Ꮚ其对药物的敏感性，并根据症状轻重，选择对病原微生物敏感和临床疗效较好，不良反应较少的窄谱抗菌药物。对革兰氏阳性引起的病症应首选青霉素类，次选四环素、庆大霉素、先锋霉素等；对革兰氏阴性菌引起的病症应首选卡那霉素、庆大霉素、链霉素、多粘菌素，次选四环素类。
当选用磺胺类药时，应根据病症轻重选用，对急性重症患畜（禽）以中效磺胺SD为首选，待病情稳定后可用长效磺胺类如SMD、SMP等维持，对一般感染可选用SM2、SMP等。
2.用药剂量、次数、途径要适当，疗程应充足
用药剂量、次数、途径、疗程是决定治愈效果的关键所在，用药剂量过小，不能发挥作用，反而易使细菌产生耐药性，所以应根据病情的轻重、动物的大小、年龄、体重以及药物的有效量等来决定药物实际用药量，同时还应考虑到药物的肝肾毒性，用药次数要根据各种抗菌药在血中消失的速度或半衰期确定，以能维持血中的有效浓度为宜。在给药途径上掌握住以一般感染、肠道感染为内服，严重感染为肌肉注射或静脉输入为宜。在疗程上一般掌握在传染病和感染症连续用药3-5天，至症状消失后再用1-2天，对慢性病或某些特殊疾病根据病情需要而延长疗程，切忌停药过早而导致疾病复发。
3.及时修正治疗方案。
在治疗过程中要注意多观察，如症状好转应坚持用药；如出现毒副作用，应立刻停止用药，并修改用药方案；如疗效不佳，应及时改变治疗方案。
剂量不足或给药途径不当，应增加或改变给药途径。病畜（禽）体况太差、饲管不良，瘦弱或有水、电解质紊乱、酸碱失调时应加强饲养管理，改善全身体况、纠正水、电解质紊乱及酸碱失调。
潜在病灶未加处理，如未彻底排脓，使败血症无法控制的要同时进行病灶处理。
诊断有误是，应立即重新制定治疗方案。
二、防止细菌产生耐药性，控制耐药菌传播
为防止在用药过程中细菌耐菌株形成和传播，要严格掌握抗菌药的适应症，可用窄谱者不用广谱的，诊断不确切的不轻易应用，同时剂量要充足，疗程要适当，以保证有效血药浓度控制耐药菌，并对污染场所进行彻底消毒。
三、抗菌药的联合应用
在多数情况下使用一种抗菌药即可奏效，当单一药物不能控制疾病或不易透入到感染病灶时，要采用两种或几种抗菌药联合应用，以扩大抗菌范围，提高疗效，加速疾病治愈，降低毒副反应，防止抗药性的产生。在联合应用抗菌药物时，为了获得药物的协同作用要十分注意药物之间的理化性质、药物动力学和药效学之间的相互作用与配伍禁忌，可参照药物配伍禁忌选用。
四、防止影响免疫反应
抗菌药物对活菌苗的主动免疫过程有干扰作用，在接种活菌疫苗前3天、和后7天内不可用抗菌药物，在必须用抗菌药的情况下，病情痊愈后需进行补免，以确保抗体产生。
五、防止药物蓄积中毒和毒副作用
有些药物进入机体后排出缓慢，连续长期用药可引起药物蓄积中毒，如病畜（禽）慢性肾炎，长时间使用链霉素或庆大霉素等均可在体内造成蓄积，引起中毒。有的药物在预防疾病的同时，也会产生一定的毒副作用，如长期大剂量使用喹诺酮类药物会引起机体肝肾功能异常，应特别注意。
六、把握全局，采取综合性治疗措施
机体的免疫力是协同抗菌药发挥作用的重要因素，外因只有通过内因而起作用，在使用抗菌药物治疗的同时应改善饲养管理，补充能量，增强机体的抵抗力，必要时采取纠正水、电解质和酸碱平衡紊乱等辅助治疗措施，促进病体康复。
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