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通过建立生物安全体系，采取严格的隔离、消毒和防疫措施，降低和消除猪场内污染的病原微生物，减少或杜绝猪群的外源性继发感染机会，从根本上减少和依赖用疫苗和药物而实现预防和控制疫病的目的。
生物安全体系主要着眼于为畜禽生长提供一个舒适的生活环境，从而提高畜禽机体的抵抗力，同时尽可能地使畜禽远离病原体的攻击。
养殖场的选址要合理养殖场必须远离生活区、交通主干线，远离化工或生物制品厂。选择在地势高、供水便利的地方。这样就可防止外来病原的侵袭。有的养殖场户为了方便，租用别人已用过的旧养殖场，这样会增加养殖的危险性。
养殖户要进行科学的饲养管理有的养殖户给予的饲料单一、营养不全，且房间通风不畅、饲养密度过大，这样一来，不但养殖效益不高，而且不利于疫病控制，增加了疫病的危害性。养殖户有的甚至用霉变饲料饲喂，造成动物应激，使体内条件性病原菌或外来病原菌有机可乘。养殖场必须使用全价饲料，防止饲料霉变，并且要定期驱虫。
养殖场须制定卫生防疫措施一是防止闲杂人员及动物入场。二是对场内环境进行消毒，一般每年春秋各1次。畜舍内每周用消毒药喷雾消毒1次。消毒药品要交替使用，以免长期使用一种药品病菌会产生耐药性。常用的消毒药品可用10%~20%石灰乳，5%来苏儿，0.3%~0.5%的过氧乙酸、百毒杀等。三是对动物粪便及时清除，可进行发酵处理后归田，对养禽场还必须注意经常通风。四是对病畜禽尸体及时清除，并对场地进行消毒，不可在养殖场内进行尸体解剖，以防疫病蔓延。
养殖猪鸡一定要实行“全进全出”的饲养措施。每批畜禽在转移调走之后，用3%烧碱水对鸡舍全面消毒一次，然后用清水冲洗干净，间隔5天~7天，再进另一批。对牛羊养殖，引种一定要首先了解种畜产地疫情状况、种畜的健康状况以及免疫状况。注意种畜引入后至少需隔离一个月，确保健康后方可入群。
药物控制预防为主，治疗为辅，控制药残。
要坚持预防为主的原则，制定科学的用药程序，搞好药物预防、驱虫等工作。有的畜禽传染病只能早期预防，不能治疗，要做到有计划、有目的适时使用疫（菌）苗进行预防，及时搞好疫（菌）苗的免疫注射，搞好疫情监测。尽量避免动物发病用药，确保畜禽及产品健康安全、无残留。必要时可添加作用强、代谢快、毒副作用小、残留最低的非人用药品和添加剂，或以生物学制剂作为治病的药品，控制畜禽疾病的发生发展。
要坚持治疗为辅的原则需要治疗时，在治疗过程中，要做到合理用药，科学用药，对症下药，适度用药，只能使用通过认证的兽药和饲料厂生产的产品，避免产生药物残留和中毒等不良反应。尽量使用高效、低毒、无公害、无残留的“绿色兽药”，不得滥用。
兽医指导规范用药确有疾病发生时，治疗用药要在兽医人员指导下规范使用，不得私自用药。用药必须有兽医的处方，处方上的每种药必须标明休药期，饲养过程的用药必须有详细的记录。
要了解兽药的常识，要选择成本低、效果好、副作用小的兽药如生物制剂的疫（菌）苗等，选择正规和信誉度较好的兽药生产单位的产品，了解兽药的有效成分、作用、用途和注意事项，认真掌握畜禽病情、病因，准确用药。
要有用药情况记录要对免疫情况、用药情况及饲养管理情况进行详细登记，必须按照兽药的使用对象、使用期限、使用剂量以及休药期等规定严格使用兽药。遵守用药规定，及时停药。必须填写用药登记，其内容至少包括用药名称、用药方式、剂量、停药日期，并将处方保留五年作证据。
切勿使用禁用药物饲养畜禽过程中要严格用药管理，要严格执行国家有关饲料、兽药管理的规定，严禁在饲养过程中使用国家明令禁止、国际卫生组织禁止使用的所有药物，如：已烯雌酚、盐酸克伦特罗和氯霉素等，不得将人畜共用的抗菌药物作饲料添加剂使用，宰前按规定停药。对允许使用的药物要按要求使用，并严格遵守休药期的规定。
定期进行药残监测在饲养畜禽的整个过程中，要定期对水样、饲料、畜禽粪便、血样及有关样品进行药物残留监测，及时掌握用药情况，以便正确采取措施，控制药物残留。
按时停止使用药物要遵守药物的停药期。要按照有关规定要求，根据药物及其停药期的不同，在畜禽出栏或屠宰前，或其产品上市前及时停药，以避免残留药物污染畜禽及其产品，进而影响人体健康。
适时出栏安全上市饲养畜禽，要做到适时出栏安全上市。必须在规定停药期后，有条件的要取得当地兽药管理部门发放的《畜禽产品兽药残留检验合格证》方可出栏，在休药期未到时，不得出售畜禽供人食用。
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