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由哈尔滨兽医研究所陈华兰教授领导的一个微生物学家团队通过测试从位于中国上海和安徽省的活禽市场和家禽养殖场收集的样本，调查了新型甲型流感(H7N9)病毒的起源。
H7N9病毒的图像（Cynthia S. Goldsmith / Thomas Rowe）2013年3月，H7N9流感病毒在中国从人类中分离出来。截至2013年4月25日，共报告了109例实验室确诊的人感染病毒病例。
根据最近从活禽市场收集的H7N9的研究，这些病毒是重配株，其中六个内部基因来自禽类H9N2病毒。然而，他们的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的起源尚不清楚。
该团队从位于中国的活禽市场和家禽养殖场收集了970个样本(饮用水，粪便，污染土壤，泄殖腔和气管拭子)。20个样品对H7N9流感病毒的存在呈阳性。所有阳性样本均来自上海的活禽市场。其中10只从鸡中分离出来，3只来自鸽子，7只来自环境样本。
科学家对三种H7N9分离株的完整基因组进行了测序 - 来自鸡，鸽和环境样本。这些分离株的遗传分析揭示了所有八个基因区段的高度同源性。这些新型H7N9流感病毒分离株的系统发育分析表明，六个内部基因来源于禽H9N2病毒。
根据GenBank数据库，新分离的病毒的HA基因与来自鸭H7N3流感病毒的HA基因最相似，在核苷酸水平上具有95.2-95.8%的同源性。病毒分离株的NA基因与来自鸭子的H4N9，H11N9流感病毒的NA基因和来自鸭场的环境样品具有最高的同源性(97.3-97.9%)。
“很明显，新型H7N9病毒是基因重配的产物，来自一个供体的内部基因，以及来自一个或几个其他供体的HA和NA基因。”
HA受体结合特异性是宿主范围的流感病毒的主要分子决定因素。HA位置226和228处的氨基酸对流感病毒中受体结合的特异性至关重要。在新型H7N9病毒的HA蛋白中，在226位存在亮氨酸残基，其是人流感病毒中HA基因的特征。
“这一发现暗示H7N9病毒部分获得了人类受体结合特异性。检查的所有H7N9人分离物在PB2蛋白的627位含有赖氨酸残基。众所周知，这种赖氨酸残基有助于在哺乳动物宿主中复制和传播禽流感病毒。H7N9病毒在人类宿主中的复制过程中获得这种赖氨酸很可能对它们的毒力和致死性有显着贡献。“
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