对病毒进行准确分类对于病毒的流行病学调查以及开发具有成本效益的应对措施(包括为独特的非瘟毒株设计疫苗)至关重要。
近日,来自美国农业部农业研究局(ARS)、加拿大食品检验局和乌干达马卡雷雷大学的研究小组在同行评议期刊《Viruses》上发表文章,分享了他们重新划分基因型的提议。在这篇文章中,研究者认为,应将非洲猪瘟之前提出的25个基因型缩减为6个基因型。
ARS 的高级科学家 Douglas Gladue 博士在接受采访时说:"以前,在全球范围内发现了 25 种不同的病毒基因型。我们的研究团队最近重新评估了所有公开的病毒 DNA 序列,发现大多数最初被确定为新型的基因型(基因构成)没有被正确识别,也没有与现有的 非瘟病毒基因型进行比较。根据这一分析,独特基因型的数量实际上比 非瘟研究界认为的要少,这意味着影响全球社区的非瘟病毒的多样性较低。这一信息非常重要,因为它可能会减少以前认为需要用于预防所有非瘟基因型的疫苗数量"。
12000个分离株
在这项大规模工作中,美国遥感中心的研究人员重新分析了 12,000 多份历史和当前病毒分离株,这些分离物来自世界各地的非瘟实验室。这项工作利用了 SciNet 的计算能力,SciNet 是美国农业研究署用于解决农业大数据问题的超级计算机集群。
研究小组表示,大多数基于 p72 的基因型在最初创建时,既没有根据任何特定的方法标准进行识别,也没有与现有的 ASFv 基因型进行正确比较。"根据我们对 p72 蛋白序列的分析,我们建议将目前完全基于 p72 序列创建的 25 种基因型减少到 6 种。为了帮助区分新旧基因型分类系统,我们建议用阿拉伯数字(1、2、8、9、15 和 23)代替以前使用的罗马数字。”
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