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绿头野鸭的抗病能力比家鸭强，一般成年鸭较少患病，但育雏期对温度、饲料品质和营养水平的要求较严，很少因传染性疾病而死亡。因饲养管理不当使雏鸭患病死亡，则是雏鸭死亡的主要原因。冬季和早春气温低，育雏管理如不注意保温，则鸭雏易扎堆或受寒拉稀，感染肺炎并造成死亡。霉变饲料易引起绿头野鸭霉菌中毒，其死亡率高于北京鸭与绍鸭。因此，野鸭饲料必须新鲜。
虽然绿头野鸭抗病力强于家鸭，疾病较少，但在人工驯养及常与其他禽类接触的条件下也可感染不少禽类疾病。现介绍部分常见疫病及防治方法：
衣原体病
病原 为鹦鹉热衣原体引起的多种禽类接触性传染病。野鸭也可感染。病原经病鸭呼吸道及消化道排出，健康鸭吸入空气中粪尘或飞沫而感染，也可经蛋传播。饲养管理不良，沙门氏菌及鸭疫巴氏杆菌也可并发感染本病。
症状 幼鸭精神不振，食欲废绝，眼鼻发炎，呆立颤抖，步态不稳，腹泻衰竭，后期痉挛死亡。
病变 病变类似鸭疫巴氏杆菌病及大肠杆菌病。气囊、心包、肝、脾脏表面触片，姬姆萨染色镜检，单核细胞浆内见包涵体可以确诊。
防治 氯霉素、金霉素混料投服，可同时控制鸭疫巴氏杆菌病及大肠杆菌病。
平时禽舍应防止其他禽类及野鸟进入，加强场地清洁卫生及消毒。
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