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种蛋从产出到入孵前会受到各种污染，如泄殖腔排泄物、鸡舍空气等，因此种蛋表面附着许多细菌，随着时间的推移细菌数量迅速增加，一旦细菌进入蛋内会迅速繁殖，这样的种蛋有时会在孵化器内爆裂，污染整个孵化器，对孵化率和雏鸡的健康有很大的影响，种蛋通过严格的消毒和适宜条件的保存，才会有较高的孵化率。
一 消毒时间
为了减少细菌穿透蛋壳，种蛋产出后应马上进行第一次消毒，所以要勤收种蛋，收集后马上消毒；需要运输的种蛋要在运输车内进行第二次消毒；入孵后可在入孵器内进行第三次消毒；种蛋移盘后在出雏器内进行第四次消毒。
二 消毒方法
种蛋的消毒方法很多，在生产中常用又方便操作有：（1）甲醛熏蒸：用40％的甲醛溶液和高锰酸钾按比例混合产生气体可迅速有效的杀死病原体。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高锰酸钾熏蒸20分钟，可杀死95％～98％的病原体；第三次在入孵器内按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高锰酸钾消毒；第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高锰酸钾的浓度进行雏鸡熏蒸消毒。（2）过氧乙酸熏蒸：按每立方米用过氧乙酸溶液50ml、高锰酸钾5g熏蒸15分钟，可快速有效杀死大部分病原体。当然大型种鸡场还可用洗蛋消毒液，进行消毒。
种蛋消毒完后马上放入干净的蛋库保存，防止再次被细菌污染。
三 温度
种蛋孵化的温度是37.5℃～37.8℃，但鸡胚发育的阈值温度为23.9℃，超过这个温度胚胎就开始发育，如果环境温度忽高忽低使胚胎数次发育数次停止，胚胎就会死亡或活力减弱，所以种蛋产下后应使其温度降至23.9℃以下，并一直保持到入孵前。
四 湿度
种蛋保存期间水分会通过气孔不断蒸发，快慢与周围的环境湿度有关，种蛋库的相对湿度以75％～80％较适宜。
五 保存时间
正常情况下温度15～18℃，湿度75％～80％，5天之内对孵化率和雏鸡质量无明显影响。超过7天孵化率会明显下降，时间再长失去孵化价值。
六 其它
在夏天湿度较大时运输或从种蛋库到码盘室，温度升高水蒸气会凝集到大蛋壳上，形成水滴俗称“出汗”，此时种蛋容易受到细菌污染，注意不能试用甲醛熏蒸出汗的种蛋。
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