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环境因素
林下养鸡虽可以节约养殖成本， 改善鸡的肉、 蛋品质， 但是林下养殖是一种开放的养殖模式， 鸡暴露在开放空间， 更容易受到外界环境因素的刺激和病原菌的侵袭。 进入冬春季节， 环境温度低， 昼夜温差大， 气候干燥， 在这些环境因素的刺激下，林下养殖的鸡所受应激较大， 导致鸡群比起规模化养殖的更易感染各种病原。 林下养殖环境复杂， 一旦发病往往是多种疾病并发或继发， 病症较为复杂， 且病原菌在开放环境下容易存活， 难以杀灭， 形成林下养鸡呼吸道综合征发生的恶性循环， 冬春季节亦成为鸡呼吸道综合征的高发季节。
饲养管理因素
饲养模式单一在林下养殖过程中， 养殖模式较为单一， 养殖户对鸡群缺乏科学调度， 在同一片林地反复饲养、 大密度饲养， 没有给予林地充分的恢复时间， 使林地生态变得脆弱， 不仅对林地资源造成破坏和浪费， 也给病原的生存提供了条件， 加大了疾病的发生概率和防治难度。养殖户压缩育雏时间， 较早地进行林下放养， 这时鸡疫苗接种不全面， 环境适应力差， 抗病力弱， 而进入林下放养阶段就很难对全群进行再免疫， 因此， 在环境因素恶劣的冬春季容易诱发呼吸道疾病。
设施简陋
养殖户在进行林下养鸡时为了更大程度地节省饲养成本，在饲养林区仅搭建简易鸡舍供鸡群休息， 鸡舍建造粗糙， 面积较小， 相关设施配套不完全[2]。在空气干燥的冬春季节， 鸡舍内灰尘较大， 病原容易附着在粉尘上， 当鸡群呼吸时随着粉尘进入鸡呼吸道， 引发呼吸道疾病， 进一步发展成为呼吸道综合征。
饲料问题
养殖户收购原料配制饲料， 但缺少饲料制备、 储存的相关设备和场地， 往往因加工或储存不当而造成饲料霉变。长期饲喂霉变饲料会引起鸡群霉菌毒素蓄积性中毒， 造成严重的免疫抑制， 使鸡群总体免疫力低下， 导致免疫失败[3]。 同时， 养殖户缺乏饲料配制的科学知识，在饲料配制时所添加的各种微量元素、维生素配比不当， 且加工工艺不完善， 饲料混合不均匀， 造成饲料中微量元素、 维生素比例失调、流失或失效。饲喂鸡群后， 致使鸡微量元素、 维生素失衡， 免疫系统发育受阻， 体质变弱， 冬春季容易罹患呼吸道综合征。
鸡苗质量
鸡苗来源渠道多元， 如自己孵化、 市场购买等， 鸡苗质量良莠不齐， 部分鸡苗带有传染性支气管炎病毒、 支原体等病原， 在应激较大的冬春季节， 更易暴发疾病， 引起病原蔓延扩散， 感染全群， 为鸡呼吸道综合征的发生提供了机会。
品种选择失误
品种不同的鸡苗对疾病的抗性是不同的， 多数养殖户注重生长速度， 往往忽视了品种的抗病力， 特别是在林下放养条件下， 生长较快但抗病力低的品种， 如白羽肉鸡、 褐羽蛋鸡等。而地方品种或地方鸡杂交品种抗病性较强， 比较适应林区环境， 对呼吸道疾病有一定抵抗力[4]。
免疫失败
林下养鸡户缺乏专业知识和专业技术人员的指导， 所用的免疫程序是凭经验制订的， 甚至有的养殖户不进行免疫， 很少进行鸡群流行病学调查、 抗体效价监测， 对免疫剂量和免疫时间的把握不准， 造成免疫后鸡群抗体效价低， 达不到抗病标准， 使鸡群处于发生呼吸道疾病的极大风险中。
用药失当
在对鸡群进行药物保健、 预防、 治疗时， 不能准确诊断疾病， 药物的剂量、 配伍不准确， 缺乏科学的用药指导原则，出现药物滥用、大剂量用或无原则混用等现象， 导致病原对药物的敏感性降低， 使林下养殖的鸡疾病难以防治， 甚至是防治无效， 更易引发多病原混合感染、 多病原继发感染的呼吸道综合征。
传染性因素多病原协同致病
林下养鸡发生的呼吸道综合征主要病原是支原体， 鸡苗本身携带有支原体或鸡在林下养殖过程中感染支原体， 在冬春季气候条件下， 支原体会导致呼吸道黏膜上皮细胞肿胀 增生， 黏膜下层水肿， 使得呼吸道黏膜的屏障作用完全丧失， 鸡群更易感染其他病原， 如新城疫病毒传染性支气管炎病毒、
副鸡嗜血杆菌、 腺病毒、 低致病性禽流感病毒、 呼肠孤病毒和鸡传染性喉气管炎病毒等[5]。这些病原在鸡体内与支原体产生协同作用， 能很大程度上增强支原体的致病性。
病原造成免疫抑制
免疫抑制性病原， 尤其是传染性法氏囊病病毒、 马立克氏病病毒及鸡传染性贫血病毒等可使鸡对呼吸道病原的易感性增大[6]。新城疫病毒和低致病性禽流感病毒， 同属于呼吸道病原， 均具有免疫抑制性。 鸡群感染以上病毒后都会使得呼吸道症状更加严重，更加复杂，更难以控制。 林下养殖的鸡由于环境、 气候和饲养条件等因素更易感染以上病原， 引发呼吸道综合征。
疫苗毒株引起机体损伤
林下养鸡户为了预防病毒性呼吸道疾病， 在免疫时通常选用活苗， 如新城疫活苗、 传染性支气管炎活苗等， 所有的呼吸道病毒活疫苗可在鸡体内复制， 并造成一定程度的细胞损伤[7]。在良好的环境下活疫苗能更好地诱导机体免疫， 但是在冬春季应激较大的条件下， 林下养殖的部分鸡在免疫接种后会产生严重的接种反应。有文献指出， 出现严重接种反应的鸡群会发生呼吸道大肠杆菌病[7]， 这表明了林下养鸡在冬春季接种病毒性呼吸道疾病疫苗能诱发呼吸道综合征。
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