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绿头野鸭的抗病能力比家鸭强，一般成年鸭较少患病，但育雏期对温度、饲料品质和营养水平的要求较严，很少因传染性疾病而死亡。因饲养管理不当使雏鸭患病死亡，则是雏鸭死亡的主要原因。冬季和早春气温低，育雏管理如不注意保温，则鸭雏易扎堆或受寒拉稀，感染肺炎并造成死亡。霉变饲料易引起绿头野鸭霉菌中毒，其死亡率高于北京鸭与绍鸭。因此，野鸭饲料必须新鲜。
虽然绿头野鸭抗病力强于家鸭，疾病较少，但在人工驯养及常与其他禽类接触的条件下也可感染不少禽类疾病。现介绍部分常见疫病及防治方法：
曲霉菌病
病原 由烟曲霉菌引起的一种真菌病。发霉饲料、垫草以及霉菌污染的食槽、用具是主要的传染源。野鸭吃了霉变的饲料，易引起霉菌中毒，死亡率较高，尤其是幼鸭。
症状 多发生于2周龄内的雏鸭，病鸭精神萎靡，闭眼瞌睡，食欲减退或不食，口渴，吞咽困难。病情严重时，呼吸困难，张口呼吸，口鼻有分泌物，后期下痢，消瘦虚弱而死亡。
病变 气管和支气管中有淡黄色渗出物，肺部有小米粒大到绿豆大的黄白色或灰白色结节，较为坚实，内容物呈干酪状，含大量菌丝体。
防治 不喂发霉饲料，食槽、水槽、用具每天洗刷，保持清洁。鸭舍应通风、清洁、干燥，垫草保持干燥，鸭舍定期进行消毒。治疗可在饲料中加入制霉菌素，雏鸭每只每天用量为2毫克～3毫克。
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