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通过种蛋传染的病原菌很多，经外源性途径感染蛋壳的病原菌有大肠杆菌、副伤寒杆菌、球菌、绿脓杆菌、霉菌等，经内源性途径进入种蛋内，引起胚胎以及禽体发生多种传染病的有副伤寒、白痢杆菌、结核病、马立克病、传染性喉气管炎、白血病、禽霉形体、禽流感等。因而在种蛋孵化前必须进行严格的消毒灭菌，才能保证健康鸡群的成长。常用的消毒灭菌法有如下几种。
一、福尔马林——高锰酸钾熏蒸法
将种蛋装入孵化箱内，按孵化器容积（即长×宽×高）每立方米用28毫升福尔马林（36～40%甲醛）液，放入陶瓷盘内，盘子放在孵化器内蛋架下方，再按每立方米14克高锰酸钾，均匀地倒入盘中，室温保持26～32℃，迅速关好门。由于产生甲醛，可杀灭蛋壳表面病原体，经半小时熏蒸后，打开门和气孔，取了曲线盘，将烟排尽。
二、紫外线消毒法
将装好种蛋盘置于25瓦的紫外线灯管下，距离50～60厘米（平均58厘米），开灯消毒3分钟，可杀灭种蛋内外的病原菌，且激起蛋白液休和酸碱度改变，改善胚胎的发育和存活，提高孵化率。和成活率。
三、浸泡法
用消毒药液浸泡种蛋，杀灭蛋壳表面病原菌。
（1）用10克碘片和15克碘化钾研碎，溶于1000毫升水中，待溶再加入9000毫升水即成0.1%碘液，将种蛋放入浸泡半分钟（以杀灭蛋壳表面的细菌），取出晾干。浸泡10次后，碘浓度降低，可延长浸泡时间，或添加部分新配碘液再用。
（2）将蛋浸入含有活性氯1.5%漂白粉液中3分钟，取出滤干装盘，应在通风处工作。
（3）用10%福尔马林液浸泡种蛋半分钟或直接喷洒，消毒效果好。
（4）5%新洁尔灭原液加 水50倍配成0.1%溶液，用喷雾器喷洒于表面，或将溶液加温至40～45℃浸泡种蛋3分钟后取出晾干。
（5）0.03～0.05%（即10千克水加3～5克药）高锰酸钾液置于大盆内，药液呈浅紫色或手放入盆中模糊可见，水温维持40℃左右，种蛋放放浸泡1～3分钟，取出滤干入孵。
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