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在临床呼吸道疾病综合征上容易和其他病相混淆，所以应做好和以下疾病的鉴别工作：
猪细小病毒病该病主要引起母猪繁殖障碍，对哺乳和断奶仔猪影响较小。在诊断中，母猪发病后仅表现流产、死胎等；母猪本身在临床没有明显的症状；
猪乙脑病本病发病的时间大多集中在每年5～8月份，季节性比较明显。初产母猪较多，发病后多流出木乃伊胎，公猪发病后睾丸肿胀；
猪伪狂犬病对哺乳仔猪和断奶仔猪危害较大，发病后不但体温升高，而且表现神经症状。采集病料接种家兔，如果在接种部位出现奇痒即可确诊；
喘气病由肺炎支原体引发的肺炎。饲养管理和卫生条件越差，发病率越高。典型症状：单纯感染病猪体温没有明显的变化，全身症状也比较轻微，不影响食欲，只是随着病程的发展，喘症突出，呼吸困难，张口喘气，似拉风箱，腹部息痨沟明显，特别在清晨、晚间运动、吃食时无痰干咳表现明显，病程长久，背毛粗乱，严重影响生长速度。
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