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编号为了便于日常管理和各项生产性能的记录，以及进行选种、选配和科学实验的需要，必须对种兔和实验兔进行编号。
獭兔编号都在兔耳上进行。仔兔在断奶混群前必须编号记录，以防混群并笼后血统混乱，在编号的同时做好造册登记。
目前习惯在一个兔耳上编号，公兔在左耳朵用单号，母兔在右耳用双号。具体编号的方法如下：
(1)针刺法在兔耳内侧中间血管较少处，用钢笔尖蘸取用食醋研的墨汁刺号，刺破表皮到真皮层即可。如刺人过深或过浅效果都不好。刺后数日就变成永久不褪色的蓝色号码。此法简单实用，但比较费力。
(2)耳标戳 用大头针排成号码，铸在石膏上或熔铸的铝金属上，制成不同号码的戳印。编号时在兔耳内侧消毒，然后涂抹上醋墨，再戳印字体。
(3)耳标法 在铝制耳标上须先打印好要编的号码，然后用耳号钳及编号法后卡在兔耳朵上。上耳标时需两个人进行，一个人将兔保定好，另一人在兔耳朵根部上边内侧无毛处先消毒，然后用小尖刀扎一小口，将耳标穿进小口成圆圈固定即可。
实践证明，用耳标编号后，在捕捉獭兔时，兔子疼痛难忍，发出叫声，故很多地方不采用此法。
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