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免疫系统在禽类的抵抗病原微生物过程中起着关键的作用，禽类免疫组织结构和免疫机理与哺乳动物基本相似．尽管禽类的免疫系统的研究不如哺乳动物那么深入，但是，早期对鸡法氏囊和胸腺的研究已为免疫系统分成Ｂ细胞和Ｔ细胞两部分奠定了基础．同进也开创了对哺乳类，禽类和两栖类免疫机理研究的新时代．免疫学研究，４０多年前就已开始，随着研究的不断深入，已成为生物学中发展最快的分支，免疫机理的研究日新月异．
与哺乳类一样，禽类免疫系统也很复杂，通过大量的细胞和可溶性因子协同作用产生保护性免疫反应，因为商品家禽采取集约化饲养，保持正常免疫功能对禽群来说非常重要． 在密集的饲养环境下,家禽对传染性病原很易感,从而暴发疾病,为了使禽群能抵抗环境中的强毒病原微生物感染,需要接种许多疫苗,有些疫苗还需要多次重复免疫. 疫苗的保护效率取决于免疫系统对疫苗的反应强度.如果动物机体的免疫抑制,对疫苗反应差,那么这样的禽群就容易感染疾病.了解免疫反应过程非常有意义,同样应了解如何尽量避免引起禽群免疫抑制的应激.
免疫细胞位于初级淋巴器官或次级淋巴器官中,胸腺和法氏囊是初级淋巴器官,T细胞和B细胞前体在此分化和成熟.胸腺是一种狭长的多叶状结构,沿身体长轴分布于气管两侧,一些叶一直延伸到前胸腔,胸腺的腺叶由小叶构成,每个小叶可分为外周的皮质区和中央的髓质区,皮质区淋巴细胞密集,而髓质区淋巴细胞较稀疏,法氏囊量种囊状的后肠的延伸物,位于泄殖腔背侧,法氏囊由滤泡构成,滤泡中充满了淋巴细胞,和胸腺一样,淋巴细胞在法氏囊中也是按外周皮质和中央髓质进行排列的。
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