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如果有良好的弱毒疫苗，但是没有科学的免疫程序，也会造成免疫效果差或免疫失败。免疫程序是指免疫接种计划，它包括疫苗的选择和免疫方法；免疫接种日龄和次数；几种弱毒疫苗合理配合使用等。免疫程序的设计是否合理，可直接影响到人工免疫在预防和控制传染病的作用。由于各鸡场情况不同，如疫病情况，饲养管理和环境卫生条件等，不能以一种免疫程序适用各鸡场，那就必须因地制宜制订出适合本场的免疫程序。在制订免疫程序时，应注意影响新城疫免疫的几种因素。
1.母源抗体的影响 母源抗体对雏鸡免疫力产生有一定的影响，母源抗体高，则能中和疫苗毒，免疫应答反应低，产生抗体水平较低，免疫效果差。据国内试验证明，母源抗体下降到3lb时，进行免疫接种才有免疫应答反应，4-5lb仅部分鸡产生免疫应答，高于5lb时免疫应答低或不引起免疫应答。因此根据母源抗体消长情况来确定首次免疫时间。在非疫区雏鸡首免时间，可根据母源抗体下降到3lb以下或消失时进行，于是选在16-21日龄。但在不安全的地区，为了使雏鸡获得良好免疫力，抵抗新城疫野毒感染的作用，可进行2次免疫接种，一次在7日龄，第二次在15-21日龄，这样可产生一致免疫力。
2.免疫的次数 幼龄鸡免疫器官尚未完全成熟，一般认为10周龄时免疫应答达到成熟期，此时进行加强免疫，免疫鸡产生HI抗体高维持时间长。因此可根据鸡的免疫应答的规律，可采用3次免疫法，第一次免疫仅动员抗体形成；第二次免疫能使能使免疫力加强；第三次免疫引起回忆反应，使免疫力巩固下来。河南农业大学报道，免疫鸡的保护率与HI抗体效价成正相关，免疫鸡HI抗体下降到4lb下，保护率为43％-64％；在5lb以上保护率可达90％-100％，因此为了使免疫鸡群始终保持高的保护力，必须注意加强免疫接种。
3.鸡传染性法氏囊病的影响 近年来许多试验证明，法氏囊病毒对鸡体液免疫产生较大的影响。如果该病毒感染鸡后，形成体液免疫的细胞系统发育被抑制，因此抗原刺激后不产生循环抗体，使疫苗接种达不到预期的免疫效果，特别对新城疫的疫苗接种影响更为明显。此病早期感染所表现免疫抑制比晚期感染更加明显。在鸡传染性法氏囊病流行地区，更要做好新城疫疫苗免疫，这样可防止两种病混合感染。国内有报道，在14日龄时用新城疫Ⅳ系苗和法氏囊弱毒苗同时饮水免疫，取得较满意的免疫效果。有试验证明法氏囊病毒感染，仅影响新城疫首次免疫应答，第二次免疫应答影响不大。
4.饲养管理及卫生条件对免疫力产生的影响 饲料配合不科学，环境卫生条件差，鸡场污染严重，都会使鸡的体质下降。应特别注意的是，饲料中微量元素和维生素类不足或缺乏，可直接威胁鸡群的健康状况。因此，在鸡群体质差的情况下，进行新城疫弱毒疫苗接种时，鸡体反应严重可造成一定损失，而鸡群体质好的，进行疫苗免疫接种后不仅安全，而且产生良好免疫力。经常遇到使用单位认为是疫苗问题，其实是饲养管理差影响体质，造成免疫效果差。
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