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除孵化条件直接影响孵化率外，尚有许多因素与孵化率有关。
1．遗传因素 种鸡的遗传结构与孵化率有关。鸡的品系、家系不同，孵化率亦异。近交时孵化率下降，杂交时孵化率提高。
2．种鸡 年龄母鸡刚开产时孵化率低，孵出的雏鸡也弱小，母鸡在8．13月龄时孵化率最高，而后随年龄增长而逐渐下降。
3．母鸡 产蛋量产蛋量与孵化率呈正相关。鸡群产蛋量高时孵化率也高，影响产蛋量的因素也影响孵化率。
4．种鸡 健康状态种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体病等均影响孵化率，有些疾病如白痢、支原体病等又可经蛋传染，尤应注意。
5．种鸡饲料 维生素A、D、E、核黄素、泛酸、生物素、B12以及亚油酸缺乏时孵化率低，钙、磷，锌、锰等矿物质不足也影响孵化率。
6．种鸡的管理 鸡舍的温度、通风、垫草状态都与孵化率有关。通风是减少禽舍内微生物的有效措施。垫草污脏，在地面上产蛋，积蛋不取，晚上不关产蛋箱门等等，也都可以污染种蛋，从而影响孵化率。
7．气温 夏季高温时种鸡活力低，种蛋保存条件差，蛋白稀薄，孵化率低；相反，冬季气温低时，鸡的活力也低，如种蛋受冻，则孵化率大为降低。
8．海拔高度 海拔愈高，气压愈低，空气含氧量也愈少，因而孵化时间长，有达25天出雏的，孵化率也低。最近有专家提出，海拔超过l000m以上的地区，应选育孵化期短的品系或采取往孵化器输氧的措施，以提高孵化率。
9．蛋的形态 构造如蛋重、蛋形、蛋壳质量等均与孵化率有关，过大的蛋孵化前期胚胎高温和孵化后期胚胎散温不良，孵化率低。蛋壳薄时不仅易碎，蛋内水分蒸发也过快，破坏正常的物质代谢，孵化率也低。
10．胎位 胚胎在蛋内的正常位置是，头部朝向蛋的钝端，头在右翅下，两脚曲屈，紧贴腹部。胎位不正的表现主要有：
(1)头向蛋的钝端，但头在左翅下或在两脚之间，或脚超过头部；
(2)头在蛋的锐端，头在左翅下或两脚间，脚超过头或头不在翅下。位置不正的胚胎有的可以孵出，有的则不能。正常情况下，胎位不正的数量约占18日龄胚胎的1％～4％。进行孵化效果的检查分析时，应注意剖检死胎蛋，以确定胎位是否正常及其比率，进一步查明原因。
11．畸形 非正常的胚胎，如扭颈、弯趾、缺翅膀、喙短或喙交错等畸形胚胎均影响健雏的孵化率。正常数量的胎位不正和畸形可能是由于遗传因素引起的。但数量过多时有可能是种鸡日粮的缺欠、种蛋处理不当或孵化工作失宜。检查孵化率低的原因时，应认真统计胎位不正和畸形发生率，借以查明是否与孵化不良有关。
12．孵化时蛋的位置 孵化时禽蛋应钝端朝上，使气室保持正常的位置，减少胚位不正现象。如锐端向上时，往往气室松弛，有时出现胚胎头部在蛋的锐端现象，孵化率低。
13．孵化期间的人工光照 有报告称，孵化期间连续进行人工光照时孵化率低，孵化期拖长，胎位不正的发生率增加。另也有报告认为，孵化期间在蛋架内设有光源时孵化成绩好。这些报告均未定论，尚有待证实。
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