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临床上，肉鸡发病后临床变化及剖检症状比较明显，便于总结和定性；种鸡或蛋鸡发病后，多以慢性、隐性、多样化形式出现，诊断更为困难。由于我国临床兽医、养殖户对霉菌病的不认知，该病没有及时得到预防和控制，一直长期流行至今，尤以高温潮湿的7-8月份最为流行，且临床症状明显，进入秋冬季节后，本病主要呈隐形感染；导致鸡群发病后，由于忽略了该病的存在，原本治辽效果很好的方案变得没有效果，给养禽业造成严重的很大的经济损失。
临床症状肉鸡：采食量下降、不增，甚至一直持续；体重增长缓慢，出现消瘦、僵鸡。如不及时控制本病，一般45日龄鸡，体重一般在2.3kg以下。部分出现兴奋、瘫痪、共济失调现象。并发病不严重的鸡群，基本没有鸡只伤亡。
粪便多呈黑糊状、硫磺样、内有大量没有消化的饲料，部分粪便呈黄色；爆发季节严重病例，粪便中夹杂有大量脱落的肠黏膜；部分粪便呈条状带有黏性，有柔韧感。
蛋鸡或种鸡：采食量下降，产蛋率下降或不升，部分鸡只拉稀、消瘦，眼睛呈“双眼皮”样。粪便内有不消化的饲料，最常见的是拉黑色糊状粪便，部分鸡只在眼帘上方、眼角上方、或嘴角边有“豆”样肿瘤。严重鸡群出现零星死亡，产“雀斑”蛋、“血斑”蛋。
剖检变化：肉鸡：
1、肌胃、腺胃病变：肌胃严重溃烂，角质层四分五裂，部分有明显溃疡灶；严重病例（感染霉菌毒素种类较多）腺胃严重肿大呈椭圆型或梭形，腺胃壁增厚，乳头出血、透明肿胀。尤其在2009年和2010年的7-8月份，由于高温高湿，严重病例均出现腺胃明显肿大，导致我国绝大部分兽医和行业专家们都误诊为传染性腺胃炎病。用大量的治疗腺胃炎的药物没有效果！
2．肝脏变化多样化：多有不规则白色或灰白色坏死点或坏死灶（导致部分人误诊为其它肝炎病）；肝脏肿大，部分脂肪变性，上有肿瘤硬化；有黄染现象；有呈青绿色（沙门氏杆菌样肝脏）；呈黑红色等。但大部分出现肝脏边沿变薄如刀刃，部分肝脏上有霉菌结节。
3．脾脏呈“流感脾”样，肿大、表面浆膜有大量灰白色坏死灶。
4．病鸡气囊增厚，内有云雾状病变；肠系膜变化类同。部分气囊、肠系膜出现明显霉菌结节。
5．肺脏变化：多成纤维素性肺炎或出血性肺炎；典型的黄曲霉毒素引起的霉菌结节很少见。
6．胸腺明显萎缩，严重鸡只出现胸腺消失，法氏囊萎缩变性（内有灰红色的分泌物，部分出血）。肠粘膜严重脱落。
蛋鸡：病鸡消瘦，胸肌苍白，青年鸡胸腺萎缩或消失。出现程度不一的肠系膜发黑，肠管浆膜层分布黑色絮状物。脾脏、肝脏肿大同肉鸡病变，气囊炎症明显，主要是气囊壁增厚有云雾状分泌附着。卵泡液化、变性坏死、萎缩。肌胃角质层明显溃烂、腺胃乳头消失，部分腺胃角质层萎缩明显，腺胃乳头分泌大量黑褐色液体，且逆流到口腔，使食道内存在大量的黑褐色液体；部分从皮肤外就可以看到嗉囊内的变化。
部分念珠菌感染的鸡群，鸡只食管内、嗉囊内有大量灰白色麸皮样伪膜，眼睛出现“云雾状”变化。仅供参考。
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