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一 了解常用药物对大肠杆菌的敏感性，有条件最好做药敏实验
对大肠杆菌引发的肠炎，可选用安普霉素、新霉素、烟酸诺氟沙星、庆大霉素。如果患病禽出现全身症状，可配用头孢三嗪、阿莫卡星、沙拉杀星等。如临床出现坏死性肠炎症状，可选用林可霉素、痢菌净、里砜霉素。
二 提倡中西药物联合使用
1 选用中草药
中草药中的清热燥湿类药物等，不但能有效抑杀大肠杆菌，而且能消除大肠杆菌的耐药致粒。如鱼腥草、艾叶、黄连、黄芩、苍术等。
2 用中药提取注射液
如黄芪多糖注射液、大叶桉素注射液、拉蓼注射液、穿心莲注射液、鱼腥草注射液、酸铵黄连注射液等。
3 中、西药配合应用
如紫花地丁和环丙沙星配用，可消除对环丙沙星耐药性；艾叶和庆大霉素并用，可消除大肠杆菌耐药性，再如盐酸黄连素与恩诺杀星合用可防对恩诺沙星的耐药性。
4 使用有效西药治疗要遵循如下理念
按药物特点，用足量按疗程治疗；同样药理的药物要进行轮换使用、交叉使用，可防止大肠杆菌产生药物耐药性。
三 治疗大肠杆菌肠炎型疾病用药原则
1 重视治“标”，又要治“本”
免疫学上的最新研究表明：小肠是机体合免疫细胞最多的器官。家禽的肠道疾病易造成肠道局部溃疡，导致机体免疫力下降，再加上肠道中有害病菌种类繁多，因此，肠道疾病具有疗效慢、顽固性、易复发和并发、继发，这势必增加治疗的难度等。传统治疗一般用抗菌素加上止泻药，结果疗效不佳，或治愈易反弹，病程延长，易造成大肠杆菌对治疗药物产生抗药性。目前治疗家禽大肠杆菌性肠炎的理念是：除了选用大肠杆菌敏感抗菌素药物外，还要一定配用有修复肠道溃疡和增强肠道粘膜免疫功能的药物；如配用西咪替丁、左旋肉碱、左旋咪唑等。研究表明治疗大肠杆菌有效的经典组方：新霉+林可霉素+盐酸地芬诺酯，或者用异烟肼+乙酰甲喹地邯可托品或东莨菪碱。
2 重视菌内毒素
细菌内毒素是革兰氏阴性大肠杆菌细胞壁上的特有结构，主要成分为脂多糖。细菌内毒素是大肠杆菌毒力的重要组成部分。大肠杆菌在活动繁殖过程中或死亡自溶时，菌体可随时释放内毒素。在只用抗生素时会诱导大肠杆菌释放一些菌内毒素，内毒素为外源致热源，可刺激体温调节中枢而引起发热和血压降低、白细胞减少、降低旰及心脏功能危害，因此，本病有时在治愈后不久又返病，这与菌内毒害有关。研究表明，一般抗菌素对大肠杆菌内毒素无防治效果，可选用中草药，特别是清热解毒类中药，如板兰报、双黄连、清开灵、大黄、柴胡、连翘、银华、甘草、绿豆等。此外，溶菌酶、抗菌肽、阳离子抗微生物多肽、NK细菌溶素等也有使用。
3 治疗胃肠疾病，采用通过饮水或饲料给药
使有效药物直接与病菌接触。对药物饮水给药方式上应有新理念。以前养殖户和养殖场常用冷水溶鲜药片或药粉制成药液，让禽自由自饮以防治肠道和其他疾病。陶增思博士(2008)研究指出，冷水溶解药物，这样用药方法只能使药物的药效发挥十六分之一，而如果将水加热到37℃时，则可提高药效16～32倍，如果将水加热到20℃时，治疗一种疾病需要2瓶药物的话，那么将水加热到37℃时，则只需1瓶药物。如果饮水药剂用量过大，也可以将水加热到60℃后，再将要溶解(除维生素A、青霉素外)，然后将溶有药物的水加到冷水中，这样亦可以药效增加一半。
目前规模养殖场大多采用自动饮水，如果采用粉剂进行饮水给药，常出现因药物的溶解性差而堵塞饮水器的现象，这势必能影响药物疗效。因此饮水给药，宜选择药物在水中溶解度好的药粉(片)，也可选用相关的中草药提取液作为防治肠道疾病的饮水给药。
4 添加抗病毒类物质
大肠杆菌引起禽体免疫力下降，易造成其他疾病的并发和继发，如新城疫、法氏囊病。可在饮水中添加黄芪多糖、金丝桃素、干扰素、聚肌胞等抗病毒类中药制剂。治疗禽大肠杆菌病，常出现耐药性是一大难题。据最近的研究表明，治疗大肠杆菌病用药最佳时间应该是上午的6点至8点，因这段时间是大肠杆菌活动最厉害的时间，也是抑杀该菌的最佳时间。如使用头孢类药物和恩诺沙星类药物空愎给药效果更好。在诊治本病之前，首先是更换被大肠杆菌污染的倒、饮水；禽活动场昕、用具、环境等均需要进行有效药物消毒，病禽或受本病威胁的禽群，饲料中可棍入0.5%～1%的禽菌灵或在饮水中加入1%的黄连合剂。鸡舍要通风透光，降低饲养密复，适时捡蛋和搞好脏蛋的清理工作。种蛋入库前作熏蒸消毒。
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