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一、流行病学调查：着重调查疾病的发生情况，如发病季节、病死率、主要临床表现及既往病史等；饲养管理方式，如日粮配合及组成、饲料的种类及质量、饲料添加剂的种类及数量、饲养方法及程序等；环境状况，如土壤类型、水源资料及有无环境污染等。
二、临床检查：应全面系统，并对所搜集到的症状，参照流行病学资料，进行综合分析。根据临床表现有时可大致推断营养代谢病的可能病因，如家禽的不明原因的跛行、骨骼异常，可能是钙、磷代谢障碍病。
三、治疗性诊断：为验证依据流行病学和临床检查结果建立的初步诊断或疑问诊断，可进行治疗性诊断，即补充某一种或几种可能缺乏的营养物质，观察其对疾病的治疗作用和预防效果。治疗性诊断可作为营养代谢病的主要临床诊断手段和依据。
四、病理学检查：有些营养代谢病可呈现特征性的病理学改变，如关节型痛风时关节腔内有尿酸盐结晶沉积；其维生素A缺乏时禽的上部消化道和呼吸道粘膜角化不全等。
五、实验室检查：主要测定患病个体及发病禽群血液、羽毛及组织器官等样品中某种（些）营养物质及相关酶、代谢产物的含量，作为早期诊断和确定诊断的依据。
六、饲料分析：饲料中营养成分的分析，提供各营养成分的水平及比例等方面的资料，可作为营养代谢病，特别是营养缺乏病病因学诊断的直接证据。
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