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免疫程序不是通用的、一成不变的。地方不同、流行疫病情况不同、猪场防疫环境不同、猪群健康情况不同等，免疫程序也应相应做出改变。除了乙脑、猪瘟、口蹄疫及伪狂犬这几种必须的疫苗外，其它大肠杆菌、链球菌、猪丹毒、肺疫、喘气、萎缩性鼻炎、胃肠炎、流行性腹泻及蓝耳病等都可以根据需要加入免疫规程。免疫时间最好能通过抗体测定结合免疫目的进行确定。
值得注意的是怀孕期胎儿处于不断生长发育阶段，需要安静的生存环境和丰富的营养作保证。猪一但注射疫苗都有不同程度的生理反映，如发烧、食欲减退等，而且药物选择和使用剂量不当，会造成胚胎死亡、流产等。所以怀孕母猪原则上最好不要打疫苗，如果确实需要，疫苗最好在产前50天——产前20天左右作；疫苗最好是灭活苗或基因缺陷苗。
母猪阶段必须免疫的：
1、猪乙型脑炎注射时间为每年3-4月份，蚊子尚未活动时进行，南方最迟不超过5月上旬，北方最迟不超过5月下旬。一般接种一次即可，1头份/次/年。
2、猪细小病毒病
抗体滴度大于1：20不宜免疫。经产母猪一般产后7-10天（3胎后可不打），1次1头份。注意本疫苗必须于配种前注射，配种后注射无效。
3、猪瘟
怀孕期注射猪瘟后，弱毒猪瘟病毒可通过胎盘进入胎儿体内，可导致胎儿带毒。所以最好不要在怀孕期注射猪瘟疫苗。一般较适宜的时间是配种前2周，可用猪瘟细胞活疫苗或猪瘟丹毒二联苗4-6头份，用生理盐水或0.2%亚硒酸钠2毫升稀释后肌注。
4、猪伪狂犬病
应用伪狂犬病灭活疫苗或基因缺失苗2头份（紧急免疫用弱毒苗），用生理盐水2毫升稀释后肌注。为了防止哺乳仔猪发病，可在产前一个月时肌注一次，仔猪可由乳汁中得到抗伪狂犬病免疫抗体；一般是普免，1年3次，1次 1头份。具体时间和次数最好由抗体水平确定。
5、 猪口蹄疫病
应用猪“Ⅱ”型口蹄疫灭活苗3毫升肌注。可进行普免，每年2次，由于多发在天气寒冷的季节故冬春各打1次；由于应激大，也可在配种前打疫苗。
根据需要免疫的：
1、仔猪黄、白痢
应用猪大肠杆菌K88、K99、987P、F41四联苗2毫升或大肠杆菌K88、K99工程苗1头份，用生理盐水2毫升稀释后，给分娩前21天左右的怀孕母猪肌注，如发病严重的猪场，可在分娩前21天和14天各注射1头份，能有效地防止新生仔猪黄痢的发生。
2、仔猪红痢病(又称C型魏氏梭菌病)
应用猪红痢氢氧化铝菌苗给怀孕母猪肌注。初产母猪注射两次，第一次在分娩前45天，第二次在分娩前15天，剂量为5毫升。经产母猪如在前l和2胎已两次注射过此菌苗，那只要在分娩前15天注射一次即可有效地控制本病的发生。
3、猪病毒性腹泻症
传染性胃肠炎--流行性腹泻二联苗或传染性胃肠炎--流行性腹泻--轮状病毒三联苗，注射时间为9月份---3月份，2-3次/年（优先考虑后海穴），可有效地防止母猪和哺乳仔猪发病。
4、猪丹毒和猪肺疫
临床上常与猪瘟同时接种。
5、猪链球菌病
应用猪链球菌活疫苗4头份，临用时用生理盐水2毫升稀释后给怀孕母猪肌注，注射时间为产前一个月，能有效地预防哺乳仔猪发病，也可防止母猪链球菌病。
6、蓝耳弱毒苗
普免时一年2次，1头份/头。由于怀孕期注射蓝耳疫苗潜在危险的不可预估性，一般建议在配种前1-2周免疫。如果种猪妊娠期间，本养殖场或周围爆发蓝耳病，可酌情考虑。
7、猪萎缩性鼻炎
应用猪败血性波氏杆菌——D型巴氏杆菌佐剂灭活苗1毫升皮下注射，注射时间为产前2个月和1个月各皮下注射一次，以后每年注射一次，在发病场每年必须注射两次。
另外需要注意：
猪瘟疫苗与蓝耳苗免疫时间间隔至少10天以上；免疫弱毒苗前后10天内不得使用磺胺类及地塞米松等药物；每批疫苗普注之前应进行约30头猪的安全试验，备好抗过敏药物（肾上腺素），并予以观察后效；免疫部位准确、剂量充足、记录详尽、日龄准时；普免的疫苗，怀孕母猪配后30天和产前2周的怀孕母猪推迟补免；做疫苗时所有猪只必须处于完全健康状态；1头猪换一个针头（38mm）。
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