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病变主要在呼吸器官，鼻腔中有多量淡黄色混浊黏稠的恶臭味渗出物。喉头黏膜轻度水肿、充血和出血，并覆盖有多量灰白色黏液性或脓性渗出物。气管内有多量灰白色或红褐色黏液。病程较长的病例气囊壁混浊，表面呈念珠状，内部有黄白色干酪样物质，有的病例可见一定程变的脑炎病变。严重病例在心包膜、输卵管及肝脏出现炎症。
鉴别诊断
鸡支原体病与传染性鼻炎的鉴别 鸡传染性鼻炎的发病日龄及面部肿胀，流鼻液、流泪等症状与慢性呼吸道相似，但通常无明显的气囊病变及呼吸罗音。鸡传染性鼻炎与支原体病不仅症状相似，容易误诊，而且常混合感染，不过，链霉素、强力霉素对这两种病都有良好疗效，不能做出可靠鉴别诊断时，宜选用这些药物。
鸡支原体病与传染性喉气管炎的鉴别 鸡传染性喉气管炎表现全群鸡急性发病，严重呼吸困难咳出带血的黏液，很快出现死亡，各种抗菌药物均无直接疗效，这些可与支原体病相区别。
鸡支原体病与鸡新城疫的鉴别 鸡新城疫病表现全群鸡急性发病，症状明显，但消化道严重出血，并且出现神经症状，鸡新城疫病可诱发支原体病，而且其严重病症会掩盖支原体病，往往是鸡新城疫症状消失后，支原体病的症状才逐渐显示出来。
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