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疫苗引起的应激反应。在兽医临床上，疫苗免疫是疾病防控过程中最主要的措施之一，但是，肉鸡的呼吸道黏膜也受疫苗的刺激发生一定的应激反应。在畜牧生产实践中，由于大量使用法氏囊或新城疫疫苗导致的免疫抑制，是引发肉鸡呼吸道疾病的重要原因之一。
饲养管理不当。由于养殖密度过大，鸡舍管理不善，一些病原体容易在鸡舍内形成流行，空气、饮水、饲料及垫料容易造成污染，病原体孳生导致健康动物感染。如不注意饲料质量，不注意通风换气，这样恶劣的养殖环境，容易导致机体的抵抗力下降，导致疫病的发生。
疾病防治不科学。由于疫苗预防不科学或不及时，错过了疫苗最佳的免疫时间，导致疫苗免疫滞后，达不到应有的免疫效果。同时由于一些药物治疗不科学，如有些疾病的毒株或耐药株不断突变，常常导致临床治疗无效。如使用药物的浓度或作用时间不佳，可导致耐药菌株的增多，降低了药物治疗细菌性疾病的疗效。
环境卫生因素。没有严格的环境卫生管理制度，如经常不消毒或者消毒不及时;或由于鸡场地势低洼、粪便堆积、高密度饲养、通风不好，使得鸡舍内有害气体不能有效排出，特别是硫化氢、氨气、甲烷等气体严重超出标准，刺激机体呼吸道黏膜，容易使机体的组织缺氧，呼吸道及肺呼吸的功能下降，致使机体的抵抗力下降，机体变成了易感动物群，外界的一些病原微生物容易侵入机体内。
气候因素。如气候的变化，温度忽冷忽热，都会为病原体的感染提供条件。应激可以导致机体的抵抗力减弱，抗应激能力降低。再者转群也是机体容易感染呼吸道疾病的原因之一，再加之天气变化等应激因素存在时，容易引起鸡只咳嗽等呼吸道症状疾病。
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