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主要是由于疫苗在保存和运输或使用过程中的操作不当而导致免疫失败，主要有以下几种情况。
疫苗的保存与运输不当
不同的疫苗需要不同的温度，弱毒冻干苗需要-15℃以下低温保存，菌苗宜0℃~4℃保存，油苗需2℃~8℃之间保存。
疫苗超过有效期
注意疫苗的出厂日期和有效期，过期的疫苗其免疫效果难以保证。使用时现配现用，配制好疫苗后应尽快用完，用不完的疫苗不宜保存再用。
疫苗稀释倍数或用水不当
疫苗的稀释倍数或用水应根据生产厂家的规定要求或兽医的建议选择使用，饮水免疫忌用含漂白粉或消毒药的水，也不宜使用温开水或热开水，最好选用生理盐水、冷开水或蒸馏水。
疫苗的选择与接种方法不当
不同的疾病有不同的疫苗，即使同一种疾病，由于病毒(菌)的血清型不同，疫苗也不同，只有选对疫苗并正确地接种才能收到预期的效果。
疫苗剂量使用不当
一是侥幸心理，认为以前或连续很长时间没有发现疫情，因此减少疫苗用量；二是害怕免疫效果不理想，加大疫苗用量，有可能造成的后果是免疫麻痹或导致疫病暴发。
鸡本身的因素导致免疫失败
主要是母源抗体对免疫的干扰。雏鸡出生后，在一段时间内天生对某些疾病具有抵抗力，这是由于母源抗体的作用。母源抗体在保护雏鸡的同时也给免疫接种带来了不便，因为弱毒疫苗中的活病毒进入体内后有一个增殖过程，若此时体内有相应的高低度的母源抗体，则可中和疫苗病毒，使其不能增殖，这样一方面降低了母源抗体水平，增加了雏鸡对疾病的易感性，另一方面也减少了体内的疫苗病毒数量，不能有效地刺激机体产生抗体，从而影响免疫效果，这时一旦有强毒侵入就可能导致鸡群发病。
环境因素导致的免疫失败
免疫后鸡舍内温度高低起伏不定，湿度过大，通风不良，或鸡转群、换料、断喙时进行防疫或接种疫苗后，存在麻痹思想，忽视了对周围环境卫生管理，消毒不严格等。
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