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家兔的选种方法很多，但在实际生产中依据外形和生产性能的表型选择很重要，由于外形和生产性能人们能看得见、摸得着，选择效果易观察，操作方便。因而这种方法易在养殖户和中小型养殖企业推广使用。育种值选择虽然能综合多种遗传信息，但由于育种值不能直接度量，只能根据表型值间接估计，而且需要复杂的计算，在一般养殖场或育种场很难推广使用，需要专业技术人员指导。标记辅助选择是借助分子标记选择数量性状基因型的一种新型的选种方法，这种方法对经济性状的选择应该是特别有效，但由于目前对家兔数量性状的基因定位所知甚少，这种方法用于家兔的选种还只是处于研究阶段。
关于育种值选择和标记辅助选择，有兴趣的读者可参考有关动物遗传学和家畜育种学专着。这里主要谈一下根据外形和生产性能的表型选择。对家兔进行表型选择时，选择的对象如果是性状，那么选择又分为单性状选择和多性状选择；选择的对象如果是家兔个体或群体，选择又分为个体选择、家系选择、家系内选择、系谱选择、同胞选择和后裔选择等。在实际生产中，常常是把对性状的选择融入到对个体的选择中，重点确定１个～３个性状作为选种目标，通过对个体或群体的选留来达到选种的目的。
个体选择 就是根据家兔的外形和生产成绩而 选留种兔的一种方法。这种选择对质量性状的选择最为有效，对数量性状的选择其可靠性受遗传力大小的影响较大，遗传力越高的性状，选择效果越准确。选择时不考虑窝别，在大群中按性状的优势或高低排队，确定选留个体，这种方法主要用于单性状的性能测定，按某一性状的表型值与群体中同一性状的均值之间的比值大小（性状比）进行排队，比值大的个体就是选留对象。
如果选择２个～３个性状，则要将这些性状按照遗传力大小、经济重要性等确定一个综合指数，按照指数的大小对所选的种兔进行排队，指数越高的家兔其种用价值越高，高指数的个体就是选留对象。
家系选择 就是以整个家系（包括全同胞家系和半同胞家系）作为一个选择单位，根据家系某种生产性能平均值的高低来进行选择。利用这种方法选种时，个体生产水平的高低，除对家系生产性能的平均值有贡献外，不起其他作用，这种方法选留的是一个整体，均值高的家系就是选留对象，那些存在于均值不高的家系中而生产性能较高的个体并不是选留的对象。家系选择多用于遗传力低，受环境影响较大的性状。对于遗传力较低的繁殖性状，如窝产子数、产活子数、初生窝重等采用这种方法选择效果较好。
家系内选择 就是根据个体表型值与家系均值离差的大小进行选择，从每个家系选留表型值较高的个体留种，也就是每个家系都是选种时关注的对象，但关注的不是家系的全部，而是每个家系内表型值较高的个体，将每个家系挑选最好的个体留种就能获得较好的选择效果。这种选择方法最适合家系成员间表型相关很大而遗传力又低的性状。
系谱选择 系谱是记录一只种兔的父母及其各祖先情况的一种系统资料，完整的系谱一般应包括个体的两三代祖先，记载每个祖先的编号、名称、生产成绩、外貌评分以及有无遗传性疾病、外貌缺陷等。根据祖先的成绩来确定当代种兔是否选留的一种方法就是系谱选择，也称系谱鉴定。
系谱一般有３种形式，即竖式系谱、横式系谱和结构式系谱，这些系谱格式在一般养兔书上都有介绍，一些大中型养殖场也都有系谱记录，这里仅列出横式系谱，其余不再赘述。系谱选择多用于对幼兔和公兔的选择。 根据遗传规律，以父母代对子代的影响最大，其次是祖代，再其次是曾祖代。祖代越远对后代的影响越小，通常只比较２代～３代就可以了，以比较父母的资料为最重要。利用这种方法选种时，通常需要两只以上种兔的系谱对比观察，选优良者做种用。
同胞选择 就是通过半同胞或全同胞测定，对比半同胞或全同胞或半同胞—全同胞混合家系的成绩，来确定选留种兔的一种选择方法，同胞选择也叫同胞测验。同胞选择是家系选择的一种变化形式，两者不同的是家系选择选留的是整个家系，中选个体的度量值包括在家系均值中，而同胞选择是根据同胞平均成绩选留，中选的个体并不参与同胞均值的计算，有时所选的个体本身甚至没有度量值（如限性性状）。
从选择的效果来看，当家系很大时，两种选择效果几乎相等。由于同胞资料获得较早，根据同胞资料可以达到早期选种的目的，对于繁殖力、泌乳力等公兔不能表现的性状，以及屠宰率、胴体品质等不能活体度量的性状，同胞选择更具有重要意义。对于遗传力低的限性性状，在个体选择的基础上，再结合同胞选择。可以提高选种的准确性。
后裔选择 是根据同胞、半同胞或混合家系的成绩选择上一代公母兔的一种选种方法，它是通过对比个体子女的平均表型值的大小从而确定该个体是否选留，这种方法也称为后裔鉴定，常用的方法有母女比较法、公兔指数法、不同后代间比较法和同期同龄女儿比较法。
后裔选择依据的是后代的表现，因而被认为是最可靠的选种方法，但是这种方法所需的时间较长，人力和物力耗费也较大，有时因条件所限，只有少数个体参加后裔鉴定;同时当取得后裔测定结果时，种兔的年龄已大，优秀个体得不到及早利用，延长了世代间隔，因此常用于公兔的选择。后裔选择时应注意同一公兔选配的母兔尽可能相同，饲养条件尽可能一致，母兔产子时间尽可能安排在同一季节，以消除季节差异。
以上几种不同的选择方法各有其优缺点：个体选择比较简单易行，经济快速，但对遗传力低的性状不可靠，对胴体性状、限性性状无法考察;同胞选择虽能为所选个体胴体性状、限性性状提供旁证，花费时间也不太长，但准确性较差;后裔测定效果最可靠，但费时间、人力和物力;系谱选择虽然准确度不高，但对早期选种很有帮助，而且对发现优秀或有害基因，进行有计划的选配具有重要意义。
在实际选种过程中往往不单靠一种选择方法，而是考虑几种方法的优势，在不同的阶段使用不同的选择力法，也就是采用综合选择。以上几种选择方法涉及的都属于表型值选择，如果能根据本身、亲代、同胞与后裔资料求得单项育种值或按照一定方法计算出复合育种值，并以此作为选种依据，则能进一步提高选种的准确性。由于涉及到一些复杂的计算，这里不再讨论，有兴趣的读者可以参考有关专著。
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