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一 免疫抑制病的干扰
免疫抑制病可导致疫苗免疫失败或误诊，呼吸道病的临床诊治表现为单纯的治疗，对症治疗只能一时控制症状，不能彻底治愈。部分病治疗时易治愈，却因免疫抑制病的发生，使诊断和治疗走入误区，治疗效果不明显，频繁用药，频繁换药，超剂量用药导致久治不愈，还引发鸡的药源性肝肾肿大。
在肉鸡养殖密集区以呼吸道病为主的部分原因如非典型新城疫和通风不良。鸡群在7日龄、21日龄2次免疫新城疫，但仍发生新城疫，并有气囊炎、支气管堵塞等继发其他病。
二 技术员水平不够
呼吸道病难治和禽流感的误判是因为部分技术员诊断不清笼统投药避免治疗责任，对各种疾病混合感染统一认为为禽流感。治疗呼吸道病抗病毒药抗菌药一起用。还有部分养殖场和技术员认为原粉(药)疗效好，价钱便宜。如碱性药：鸡的腺胃、肌胃为酸性，碱性药到达鸡的腺胃、肌胃造成酸碱中和或酸碱不平衡造成药效降低甚至失-效，其治疗效果没有复方制剂的。
三 通风不足
秋冬季节的通风和保温是互相矛盾的。鸡舍通风不足，氨气过重引发多种呼吸道病的发生，也会延误治疗效果，对呼吸道病来说，在良好的环境中结合药物治疗效果好，但在恶劣的环境中则很难治愈。合理的通风换气，有利于疾病的治疗和痊愈。
四 难治病
气囊炎、支气管堵塞、肺炎危害最大，也最为难治。呼吸道病可引发其他病，如：新城疫、大肠杆菌病等，如单一投呼吸道药会致使药效效果不明显或越来越严重，造成了在一线的技术员和养殖户“死马当活马医”或尽快出栏的心理。综上所述，呼吸道病比以往更明显、更突出、更难治。目前早诊断是关键，合理的通风是根本，合理用药是基础。
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