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在冬季长途运输中，肉鸡由于受寒冷和其他应激因素的影响，很容易引发呼吸系统疾病，最常见的是感冒、支气管炎、支气管肺炎；由于各种应激因素的作用，饥饿和没有充足的饮水，容易出现消化功能紊乱，从而容易发生消化系统疾病；由于不能保证充足的饮水和饲喂，加上机体处在一种应激状态，容易造成机体脱水，电解质紊乱和代谢性酸中毒，从而形成营养代谢障碍，因此营养代谢疾病多发，如酮病和低血钙病等；由于各种应激反应，也可导致母鸡在途中产蛋或流蛋。此外，长途运输中肉鸡不可避免地会发生一些外科疾病，如撕裂伤、骨伤、扭伤和关节脱位等。
在长途运输中为减少应激反应带来的危害应采取以下措施：1.在长途运输之前，应该对待运的肉鸡彻底进行健康检查，对体质瘦弱、有病的鸡只应暂时停运、另放或当场处理。2.在运输途中难以保证充足的饲料，但提供的饲料必须要有丰富的营养成分、易消化，最好每天能有1-2次的充足饮水。为减少应激反应的危害，可以在饮水中添加适量的电解多维和一些防疫药物以及补液盐等。3.肉鸡在上车前不能喂得过饱,刚开车运行时应控制车速，让车上的肉鸡有一个适应过程，在行驶中规定车速不能超过50公里/小时，超过5小时后可提高到80公里/小时，同时要严防紧急刹车。4.应经常检查鸡群的情况，发现问题及时处理、尤其是停车饮水时和喂料时要注意观察，发现病鸡及时隔离和治疗。5.出发前检查饲料和供水等是否充足，药品和器械是否齐备，相关的检疫证件是否齐全以及车况是否完好。6.通讯设备是否完好。
长途运输时需带的药品和器械：解热镇痛药：安乃近、氨基比林等。抗生素类药：青霉素、链霉素等。急救药品：如安钠咖、阿托品、止血散、消炎灵等。外用药：酒精、消炎粉等。
在治疗长途运输中的病鸡时应注意几个问题：运输过程中能量的负平衡容易引发酮病，在治疗时可采用地塞米松0.5毫克注射。对于有急性心力衰竭表现的肉鸡，应当及时处理掉。
运输到达目的地后应将肉鸡安全地从车上卸下来，放到指定的鸡舍内休息。准备适量的优质饲料和饮水、在饮水中加适量的补液盐和多维葡萄糖，切忌暴食暴饮。彻底检查鸡群健康状况，宰杀未死病鸡，若发现鸡肉有黑点和绿色斑点的鸡应火化或深埋。
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