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当前应该在确保鸡业发展的同时，推广清洁生产，加强鸡场废弃物的无害化处理，减少生产对环境的污染。目前已经有许多成熟的废弃物处理方法。
1 粪便
粪便是鸡场主要的废弃物。鸡的消化道较短，饲料在消化道内停留时间短，消化吸收率较低，鸡饲料中的养分大概只有1/3左右被吸收了，而其余的都被排出体外，因此鸡粪中含有许多未被消化吸收的营养物质。据报道，鸡粪含粗蛋白约28%、纯蛋白13%，总氨基酸8%，且各种氨基酸比较平衡；此外，还含有丰富的B族维生素和多种微量元素。鸡粪的充分利用可以带来较好的经济效益、生态效益和社会效益，其方式主要有以下三种：
（1）制作有机肥
堆肥是最常见的一种处理方式。经过4～6周堆积发酵（需氧）后的鸡粪，可制成高档优质有机肥料；或经过烘干处理，进一步制成有机无机生物配方肥，并可以商业出售。堆肥的主要缺点在于堆积过程中由于NH3挥发导致氮损失，同时加重了空气和水体的污染。过度使用这种肥料会造成土壤、水体富集营养，地表水的硝酸盐超标。
（2）制作饲料
鸡粪是廉价的低能蛋白饲料，用鸡粪可代替部分蛋白料。鸡粪经过预处理如青贮、干燥、发酵、热喷、膨化、添加化学物质等，可以加工成饲料。在加工的过程中也可添加一些其它物质（如：能量饲料），一方面可以提高营养价值，另一方面可以提高适口性。厌氧发酵也是一种可行的方式，发酵条件控制好，可以抑制CH4的产生，Jalila等向水稀释后的鸡粪中加人糖蜜，接种乳酸菌进行发酵，能很好的保存产物中的总氮，挥发氮也得到消除，在产蛋鸡饲料中添加40％的发酵产物，对产蛋没有影响。如果把产生的鸡粪全部作为饲料，全国每年可节省300多万吨精料，折合人民币30多亿元。所以，将鸡粪制成饲料，不仅能大大提高养殖效益，更重要的是能减少污染，美化净化环境，形成生态产业链。目前，已经有“发酵助剂”面市，能将鸡粪发酵成肥料或饲料。
（3）作为能源
鸡粪通过厌氧发酵等处理后，生成CH4，可以为生产或生活提供清洁能源。常见的是将鸡粪和草或秸秆按一定比例混合进行发酵，或与其他家畜的粪便（如：猪粪）混合，同时发酵后产生的废液和废渣是很好的肥料。另外，无论是风干样还是湿样均可进行燃烧，产生的热能可进行发电。因此，以大型鸡场产生的高浓度有机废水和有机含量高的废弃物为原料，建立沼气发酵工程，得到清洁能源，发酵残留物还可多级利用，可以大大改善生态环境，是未来的发展趋势。
2 污水
鸡场的污水主要来源于冲洗鸡舍的废水，如果任其流淌，会臭味四散，污染环境和地下水。鸡场污水处理的基本方法有物理处理法、化学处理法和生物处理法，实践中常结合起来做系统处理。
3 死鸡
对于死鸡一般根据不同的情况采取以下方法：将死鸡进行高温处理、焚烧或深埋处理；进行深埋处理时可能会对地下水造成污染，所以在有些国家被禁止；精炼动物油或经过高温处理后制成高蛋白饲料。
4 其它
对于孵化场的废弃物经过无害化处理也可以加以利用，无精蛋、死胎、毛蛋、死鸡处理后可以作为动物饲料添加；蛋壳处理后制成蛋壳粉可作为钙饲料，也可加工成肥料。
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