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为提高动物疫病监测、动物卫生监督、兽药监管的信息化管理水平，农业部大力推进兽医系统信息化建设，目前已取得重要进展。
重大动物疫病防控信息管理系统发挥重要作用。农业部2008年建立了“重大动物疫病防控信息管理系统”，2010年对系统进行了全面升级。2012年，各地动物疫病预防控制机构通过该系统填报防控政策、防控应急管理、应急物资储备、疫苗订购与使用等事项，便于及时准确掌握疫苗、免疫情况进展和防疫物资等基本信息，为科学制定防控政策提供数据支持。该系统在春、秋两季重大动物疫病防控工作中，尤其在“加强重大动物疫病防控”延伸绩效管理的评估工作中发挥了重要作用。
动物卫生监督信息化建设深入开展。2012年，农业部印发《农业部关于推广河南省动物卫生监督执法能力建设经验的通知》，以河南省实施动物检疫合格证明电子出证为案例，推广动物卫生监督信息化经验做法。北京市研发的“北京动物卫生监督网”开设“服务大厅”专栏，公开“进京入沪供津”、“跨省调运”、“托运宠物”等业务办理流程，方便公众查询办理。重庆市建设完成《重庆市动物卫生监督指挥调度平台》，全面覆盖各县、乡动物卫生监督所（分所）和各动物卫生监督检查站，实现了各监督所和检查站实时联网调度。辽宁、吉林、河北、青海、广西等省（自治区）已完成电子出证系统研发工作，开始在各地推广应用，逐步实现动物检疫合格证明电子出证、网络查询、快速溯源，有效提升动物卫生监督信息化监管水平。
兽药监管信息化建设取得突破。2012年，兽医局组织中国兽医药品监察所建设完成国家兽药基础信息查询系统I期，并于2012年8月20日上线试运行。通过查询系统，可快速查询兽药生产企业GMP证书、兽药生产许可证、兽药产品批准文号、生物制品和进口生物制品批签发等审批情况以及兽药监督抽检检验情况，查询系统中的数据相互关联、信息完整，极大地满足了全国兽药监督执法以及社会公众查询需要，促进了行业诚信自律。此外，天津、内蒙古和广东等地在兽药经营信息化监管建设方面取得了积极进展，有力促进了兽药监管工作开展。
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