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随着病原微生物的耐药性增强、人们对药物残留的恐慌日益强烈，中兽药已经成为当前养殖业的新宠，但是，在中兽药的研发、推广中海存在着很多客观的问题，使得当前中兽药表面上看起来很红火，背后却缺乏有力的支持。要真正做好中兽药，就一定要从根本上正视这些问题，找到解决的方案。
中兽药业不论人才、剂型、品种、疗效、工艺都还不能满足养殖业的巨大需求。有些标榜所谓中药西制的企业，其产品很大程度上是违背理方的粗制滥制。传统中医理论怎样指导、发挥于非哺乳动物的卵生禽类的疾病防治？还有待于深度研发探讨。许多中医的理论瑰宝如四诊八纲、君臣佐使、十八反十九畏等在动物疾病防治理论的延伸、临诊实践、药物应用、创新提炼等方面都面临浅表停滞、失传中断、曲解误导的艰难窘境。
中药作为天然药物，是被证明对动物体有益无害的外源性药物。而中药的成分到了体内有的被吸收利用，有的被分解排出体外，即使不被排出，毒副作用相对较少。但是在这方面行业和企业的传播和舆论导向是不够的。长期形成的社会偏见认为，普遍认为中兽药既是草药、植物药，起效慢，针对性不强，饲喂不方便。部分养殖场还存在青睐化药而对中兽药排斥的态度。又由于成本和售价上的考虑，中兽药的药源很少应用动物矿物类药源，如蚂蚁、土鳖虫、鸡内金、牡蛎等。也给中兽药新产品的开发和疗效的提升造成了阻断。
而作为中兽药上游产业的药物种植、人工养殖、野外采集等仍存在缺时为宝多时为草的状况；且受人用中药企业需求的左右，没有形成直接的紧密的产业链，如公司+药农模式。在生产领域也没有形成高科技提取液供应源模式，由于野生中草药的产量、采集、运输、收购、储存等环节的限制和不同产地质量上的差异，也使中兽药的质量缺乏高品质足数量的原材料保障，例如：消耗一千吨板蓝根就要有相当于3000—4000亩的产出量。这样，在保证产量又保障数量上，就出现了巨大的可能为假冒伪劣所利用的空白。也正是由此，目前中兽药需求的几类中药材的价格几年来一直在一路飙升，企业效益受成本重压难以提升。在生产流通领域还存在中兽药的假现代化如提取工艺粗糙落后、洋现代化如中药掺杂化药、皮包公司如三无企业或无生产基地仅以销售公司的架构套用滥用冒用产品和文号在市场上滥竽充数、以次充好等模式。
中兽药研发的另一个难点就是利润较低，中兽药产品的价格比人用中药低很多，经过调查发现，同样的配方、同样的产品、同样的工艺，中兽药价格仅仅是人用中药的1/10、甚至更低，这也是很多兽药企业不重视中兽药研发的一个客观原因。
目前大多数兽药企业认为，中兽药的研发，面临的最大难点就是“标准的制定”，给出的原因是，“中药在不同的生长环境、不同的季节、不同的炮制方法，其药效相差很大，所以有时候这次用药有效，下次重复用可能就没有效果了。”而实际上，针对上述所说的问题已经有相关实验：中药饮片中所含生物碱的多少在复方制剂里体现的药效相差并不明显。
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