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图2. 新型H7N9病毒各基因起源的时间动力学（A）和重排起源模型（B）
3月12日，国际学术期刊Journal of Virology在线发表了中国科学院上海巴斯德研究所病原诊断技术研发中心与浙江省湖州市疾病预防控制中心合作的研究论文Co-circulation of three HAand two NA subtypes of avian influenza viruses in Huzhou, China, April 2013: implication for the origin of the novel H7N9 virus。（《2013年4月湖州出现3个HA和2个NA流感亚型共流行：提示新型H7N9病毒的起源》）
2013年2月开始，我国长三角地区爆发了由新型H7N9禽流感病毒感染人类导致的严重疫情。湖州市位于浙江省北部，地处长三角腹地，与江苏、安徽省接壤，紧邻上海，是H7N9疫情的重灾区之一（图1）。应湖州市疾病预防控制中心的邀请，上海巴斯德所副所长蓝柯带领由冷启彬、周东明、张驰宇研究员以及王莉莉、刘嘉等技术人员组成的研究团队，赴湖州开展合作研究。
进化时间动力学分析显示，新型H7N9禽流感病毒的NA基因起源时间早于HA基因，表明H7N9的起源可能至少牵涉2次不同的重排事件：第一次重排事件使N9型NA基因整合到H9N2的基因组形成H7N9的进化中间体H9N9病毒，H7型HA基因通过第二次重排事件整合到H9N9的基因组形成H7N9（图2）。通过对湖州2013年4月采集的禽类样品（粪便，污水等）进行流感基因片段扩增、测序和进化分析，发现禽类中存在H7，H9，H5三个HA基因型的共流行以及N9和N2两个NA基因型的共流行。一株H9N2病毒A/Chicken/Huzhou/C143/2013(H9N2)在流感6个内部基因片段的进化分析中，总是紧密地聚类在新型H7N9形成的进化簇（cluster）的外侧，表明A/Chicken/Huzhou/C143/2013(H9N2)是遗传上与新型H7N9最相关的H9N2流感病毒株。此外，研究还发现了2株疑似H9N9毒株。湖州北邻我国第三大淡水湖-太湖，拥有2个天然的野鸟栖息地，具备H7N9起源的环境条件，研究结果提示湖州是新型H7N9的起源地之一。
研究结果发表前，研究团队描述了湖州出现的第一例H7N9确诊死亡病例的临床特征（Emerg Microbes Infect. 2013, 2:e23），对湖州所有H7N9确诊病例进行了系统的流行病学研究，并检测了H7N9病毒在夏季极高气温下的流行状况。研究发现确诊病人均有与禽类接触或暴露史，进一步证明禽类是新型H7N9的直接来源（Euro Surveill. 2013;18(20):pii=20481）；新型H7N9病毒对高温具有很强的适应性，表明湖州是H7N9的重要传播源（Int J Infect Dis, in press）。
该项合作研究为湖州的疾病防控提供了重要的参考依据，是上海巴斯德所利用自身研究优势支撑地方疾病防控的成功案例。该研究在蓝柯、张驰宇、周东明、冷启彬等研究员以及湖州疾病预防控制中心主任韩健康的合作指导下完成，得到了国家科技重大专项及李嘉诚基金会的支持
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