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抗生素药物使用量过大，不仅造成药物的浪费，增大成本的支出，严重时更可引起毒性反应，过敏反应和二重感染，甚至造成重大死亡。比如加大青霉素的用量，可干扰凝血机制而造成出血和中枢神经系统中毒，引起动物抽搐、大小便失禁，甚至出现瘫痪症状;长期大量的使用链霉素、庆大霉素、卡那霉素、新霉素和壮观霉素等氨基糖苷类抗生素药物，可在体内蓄积，损害第八对脑神经和肾脏.造成神经肌肉接头阻滞作用，引起猪只呼吸麻痹而死亡，头孢类药物、青霉素、四环素类及磺胺类药物超量使用可引起肾脏毒性。
用药剂量不足，用药时间过长，不仅达不到防治效果，而且易诱发细菌产生耐药性。当前耐药菌株以金黄色葡萄球菌、痢疾杆菌、大肠杆菌、结核杆菌、伤寒杆菌和绿脓杆菌为多，并且许多细菌对青霉素、链霉素、庆大霉素、四环素和红霉素等药物的耐药性都在不断提高，而且常诱发二重感染，应引起重视。针对细菌的耐药性，在临床上要做到：根据药敏试验有针对性选用抗生素药物、合理的联合用药、治疗2天无效立即更换药品、正确诊断疫病、确保药物的使用剂量和足够的疗程、饲料与饮水中不要长期添加抗生素药物.加强耐药菌株的监测与控制等。
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