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1、由于鸡堆型球虫发病的严重程度与摄入的卵囊数量有很大的关系，出栏后如何减少环境中的卵囊数量就是一个值的大家关注的问题。而球虫的卵囊对绝大多数消毒剂耐受，反倒是清洗的干净程度与进鸡后早期的发病比例有一定的关系。因此，地面饲养的用户需将地面和墙面用水泥、或者是用三合土抹平，利于冲洗。冲洗干净后用20%的生石灰乳液进行地面处理，如有条件可用火焰喷灯进行烧灼，对杀死舍内球虫卵囊有很好的效果。
网上饲养的，支撑物多使用钢结以便于冲洗,如果是竹排等木制结构要方便拆卸，出鸡后可以将网架拿到舍外浸泡冲洗，以防止小鸡啄食到残留在网架上被卵囊污染的粪便，造成早期的感染。
垫料及粪便要定期清理、定点堆放发酵以杀灭虫卵。
2、合理的用药预防程序对肉鸡的整个生产过程很关键。临床上的预防时间一般为上批鸡首次出现球虫症状的日龄再往前推三天。因为一个球虫卵囊的生活史一般为7天，临床中除急性感染外，一般在感染第三天表现出临床症状。早期的预防多采用作用于无性繁殖时第一、二代裂殖体的药物。如喹啉类的癸氧喹酯；常山酮；聚醚类的莫能菌素、盐霉素、马杜拉霉素等。第一次预防性投药完成后，在间隔不低于7天的时间内进行第二次预防性投药，这个疗程用药不要低于5天的用药时间，而且药的成分与第一次使用的药品也要有区分。如果有条件，临床上这两次预防性投药的最好的途径是拌料使用。
在应用预防药物的时候有两个地方需要注意：一、注意应用的时间，按常规量添加不要低于7天。这一点很重要，临床上堆型球虫的爆发与用药时间过短有很大的关系。二、前十天的雏鸡在使用聚醚类药物时，如果瞬时、大剂量使用大环内酯类药物时会出现瘫鸡的现象，严重时会导致大批量的死亡，在配伍上要引起足够的重视。
3、治疗。总的方针为杀虫、止血、修复肠黏膜、防止球虫腹泻以及联合用药，防止耐药虫株的出现。
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