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一、局部刺激作用
本类药物的盐酸盐水溶液为强酸性，有较强的刺激性，内服后对消化道粘膜有直接刺激，引起厌食、呕吐、腹泻等症状；肌注可引起局部肿胀、疼痛、炎症和坏死，静注可引起静脉炎。这些刺激性，以金霉素最强，土霉素次之，四环素最轻。除土霉素外，本类药物不宜肌注，静脉注射宜用稀溶液，缓慢滴注。不同土霉素制剂对组织的刺激强度相差较大，浓度为20%的长效土霉素对组织的刺激性特别强，其长效作用与其在注射部位缓慢释放有关。
二、长期或大剂量用药可引起二重感染
四环素较常见，由于肠道菌群紊乱和正常菌群减少，轻者出现维生素缺乏症，重者引起真菌繁殖或由于细菌产生耐药性致使葡萄球菌、大肠杆菌、沙门氏菌等趁机大量繁殖，从而继发二重感染，严重者引起败血症而死亡。在用药期间，如出现腹泻、肺炎或原因不明的发烧时，应立即考虑到二重感染的可能性，应立即停药。
三、四环素易透过胎盘和进入乳汁
与钙结合，可影响胎儿、仔猪的骨骼、牙齿生长，因此怀孕和哺乳母猪禁用。
四、本类药物对肝、肾细胞有毒效应
长期或过量使用（尤其是金霉素）或大剂量静注，可致严重的肝损害，肝肿大、变性、坏死等。同时，可引起剂量依赖性肾脏功能改变。为此，肝、肾功能严重不良的禁用本类药。
五、抗代谢作用
可引起氮血症，而且可因类固醇类药物的存在而加剧，还可引起代谢性酸中毒及电解质失衡。
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