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张振东：生产上非瘟基因分型的意义有多大？
现代畜牧网 http://www.cvonet.com 2023/12/22 8:55:10 关注：326 评论： 我要投稿
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行情不好，疫情不断，让养猪人苦不堪言。从今年气温降低开始，尤其进入11月份，FW感染压力空前加大，而对于物理阻挡相对薄弱平原地区的猪场更是灭顶之灾，FW病毒以防不胜防的无敌态势横行肆虐。自2018年8月3日我国首例FW出现以来，FW病毒持续进行着变异与演化：2019年出现人工缺失毒，2020年出现自然致弱毒（临床症状出现但连续几天检测阴性，最终仍然检测到阳性），2021年10月份后发现基因I型毒株（临床症状不明显，隐蔽性更强，间歇性排毒）；2023年10月份报道了高致病性的基因I型与基因II型的重组毒株，生产上临床症状更加不典型，复杂化程度更高！
FW进入国内的五年来，国内一线养猪人发明了“异常猪+检测+剔除”的有效紧急处置手段，在我们都以为战胜了FW这个病魔的时候，今年的冬天是当头一棒，异常猪只不明显了，PCR抓不到了，紧急处置时的“精准剔除”方案似乎变得相当低效甚至无效了，我们都知道是病毒发生了变化（不是唯一因素）：缺失毒比例下降，基因I型比例升高，I型与II型重组毒株比例升高。基因型与临床发病特点有没有关系？从临床生产上看，有没有必要进行FW病毒的基因分型？基因分型的意义到底有多大？
1）什么是基因型？基因型与血清型是完全不同的两个概念。百度百科中这么说：基因型，是指某一生物个体全部基因组合的总称。它反映生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。两个生物只要有一个基因型不同，那么它们的基因型就不相同，因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合。在杂交试验中，专指所研究的、与分离现象有关的基因组合，如纯种高茎豌豆（DD）、杂种高茎豌豆（Dd）等。基因型一般不能直接看到，需要通过杂交（测交）试验从表现型来推知。据估计，人类的结构基因约有5万对。因此，整个生物的基因型是无法表示的，遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。
我们熟悉的蓝耳病病毒（全长基因组约15.4kb），先前分为基因I型（欧洲型）与II型（美洲型）（2016年后已重新定义为了两个种，species），两种基因型全长基因组核苷酸同源性约60%；轮状病毒根据VP4与VP7，分为P型与G型，两个基因核苷酸同源性大于80%分为同一个P型或G型。
通俗理解基因型，是指可以区分两个生物个体的基因差异，一般情况下是使用全长基因组基于核苷酸某一同源性数值来划分，低于标准则划为不同的基因型。
针对FW病毒，国际上使用B646L基因（p72）进行基因型划分，目前可以分为25个基因型，B646L全长不到2000bp，约占FW病毒全长基因组（170-190kb）1%，且B646L高度保守（通用型ASFV检测的最适靶标），因此其并不能真正代表FW病毒的全貌，且I型与II型仅有个别核苷酸的差异，因此使用B646L基因进行FW病毒分型并不准确。2023年11月，美国农业部梅岛动物疾病中心在Viruses上发表了一篇A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups的文章，文中也提到使用p72基因序列进行基因分型并不准确，他们基于对p72蛋白序列的分析，将现在的25个基因型划分在了6个基因型中。
2）I型与II型重组就是高致病性？2023年5月哈尔滨兽医研究所与扬州大学在Nature Communication上联合发表了一篇题为Highly lethal genotype I and II recombinant African swine fever viruses detected in pigs的文章，文中提到I型与II型的重组毒株具有高致病性，且基于II型的候选活疫苗无法对该重组毒株提供保护。高致病性重组毒株？为什么生产中似乎不是高致病性且隐蔽性极强？实验室进行攻毒致病性试验所有毒株单一且序列明确，生产中存在的病毒全貌并不清楚，其重组模式可能不一样，其次环境中、猪只体内所携带病毒的毒株、丰富度都不确定，所以并不是重组毒株就是高致病性。
3）生产上有没有必要进行基因分型？ASFV全长170-190kb，比蓝耳病病毒大10多倍（我们都知道蓝耳病病毒易重组），虽然ASFV是DNA病毒，理论上不容易变异，但是其基因组长的特性大大增加了其变异与重组的概率。通过p72或者其他个别几个差异片段去检测分型有点“盲人摸象”（Swine Vet Share | 张振东：猪蓝耳病抗原检测的常见疑惑），生产上许多同行追求qPCR检测试剂的更新进而对病毒进行分型检测，但即便是使用诊断试剂分了型似乎并不能根据检测的情况确定病毒的毒力与发病特点，根据当前qPCR分型试剂盒检测到I型或者重组就进行剔除决策的方式也并不可靠。当然，有条件的进行高通量全长测序是有意义的，可以全面了解毒株序列信息，而发病、潜伏期以及致病情况等病毒特性还是要依赖于生产表现。
因此，生产上没有必要过分追求基因分型。单纯分型意义也不大，高通量测序了解病毒全貌有一定指导意义。缺失的不一定是弱毒，不缺失的不一定是强毒，I型不一定是弱毒，重组的也不一定是强毒，检测不到更不一定说明没有，这是目前FW防控的难点与痛点。
4）有意义的是什么？清楚毒株特点与特性（潜伏期、致病力、传播性等）是生产决策与精准剔除的关键，提高异常猪的警示及筛查标准是关键，内部做好防交叉管是关键，团队执行力是关键，行业信心更是关键。
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| 文章来源：SCI猪病研究 ，作者张振东 文章编辑：一米优讯 |
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