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消毒药的使用
消毒药的安全使用环境和器具消毒药的选择使用，不仅要考虑其消毒效力，还必须考虑消毒药可能带来的药物残留问题。如苯酚有很好的杀菌消毒作用，但有些国家禁止在家禽中使用苯酚类消毒剂，所以在家禽的生产、加工和运输中应避免使用，以免带来残留污染。
饲料中添加药物的使用
饲料中药物添加剂的添加要严格按照农业部有关饲料和添加剂标准添加。对于出口的畜禽，还应根据进口国有关饲料中禁止添加的药物种类（如多种磺胺类药物、喹乙醇，抗球虫药如克球粉、球虫净等），避免在饲料中添加这些药物。
推广应用绿色饲料添加剂，如饲用酶制剂、饲用微生物制剂、酸化剂、活性多肽、寡聚糖、防霉制剂、茶多酚、大蒜素等。大量的研究表明，这些绿色饲料添加剂对畜禽、人类无害，具有很好的应用前景。目前单从使用这些绿色饲料添加剂来看，饲养成本肯定是增加的，这也是大多数养殖场主不愿使用的根本原因。但从长远看，这些绿色添加剂可以改善肠道微生物平衡，促进营养物质的吸收，增强机体免疫力，促生长提高饲料报酬，与药物添加剂相比，最突出的优点是不会引起耐药菌的产生。由于动物免疫力增强，发病几率减小，生长良好，出栏天数可能减少；耐药菌株减少，由耐药菌引起的疾病治疗费用大大降低。这样无形中使动物饲养的后续成本下降，扣除掉因为使用绿色添加剂造成的成本增加外，总的饲养成本不会增加。随着人民生活水平的提高，真正的绿色食品是受大家欢迎的，即使价格贵一些，还是有很大的市场的。
此外，添加药物的饲料和未加药物的饲料不可混放。如肉鸡生产的末期饲料内不应含药物，如果误用了其他含药物添加剂的饲料，可能造成药物残留超标。因此，更换末期料时要先彻底消除前期饲料，并清洗料桶、食槽等设备。
还应注意加强饲料保管，防止饲料受潮霉变。不允许将饲料、药品、消毒药、灭鼠药、灭蝇药或其他化学药物堆放在一起。贮存饲料的场所要尽量卫生干净，消灭苍蝇、老鼠等。不要把霉变的饲料饲喂畜禽，否则可引起动物疾病并招致有害毒素残留。盛装饲料的容器应清洁，确定无毒无害物质存在。不要随便使用盛装过工业物料、清洗过的“干净”容器贮存饲料或饮水，以免有毒有害物质缓慢地释放造成污染。
疾病预防和治疗用药的使用。
①选择允许使用的药物，按药品标准规定的剂量、疗程和用法规范用药，切不可擅自加大剂量，延长用药时间。
临床上超量用药是又一个普遍的现象，主要是饲料药物添加剂超量使用。随着集约化饲养时间的增长，常用药物的抗药性日趋严重，因而饲料中药物添加量越来越高，甚至比规定高2倍~3倍。重复添加促生长药也是造成超量用药的原因，在预防、治疗畜禽疾病中使用超剂量药物的情况也很常见，这样药物在动物体内残留的时间会延长，即使按一般的休药期停药也可能造成残留超标。
只有规范用药并认真执行休药期规定，屠宰上市的肉品中药物残留才可能不超标。
②要切实保证环境卫生及进入圈舍人员的消毒，根据动物健康情况和抗体检测结果制定合理的免疫程序，从而控制各种疾病的发生，减少用药量。有条件的养殖场可以根据场内环境卫生情况、畜禽的生长状况，结合相应的抗体水平检测，开展积极的主动防疫工作，可以在一定程度上减少用药量。
③应积极使用天然植物提取药代替抗生素和合成药，可大大减少药物残留，尤其是那些用药时间长、促生长作用的药物。用传统的中草药具有很好的保健、增强机体免疫力的作用。
很多抗菌中草药能抑制或杀灭多种病原微生物，具有药源丰富、价格低廉、不良反应少、不易产生耐药菌株、无药物残留等优点。例如常用的抗菌抗病毒中草药有黄连、黄岑、黄柏、大蒜、白头翁、龙胆草等，将其有效成分提取液制成中成药制剂，多用于防治鸡白痢、伤寒、大肠杆菌病等，效果明显。
④出口养殖企业，要切实弄清进口国对畜禽肉品中药物残留的具体要求，在生产中避免使用该药或要有足够长的休药期。有条件的应在屠宰后，对出口畜产品进行相关药物残留水平的监测，检测方法最好与进口国入关检查的方法相同，以确保所用药物残留不超标，从而避免不必要的经济损失。如从1999年始，欧盟禁止在动物饲料中使用喹乙醇、卡巴氧、杆菌肽锌、泰乐菌素、维吉尼亚霉素促生长剂和抗球虫药二硝甲苯酰胺（球痢灵）、氯羟吡啶等。应在生产中尽可能避免使用这些药物。
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