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刺激免疫系统是鸡抵抗疾病所必需的，因此疫苗反应的缺乏表明免疫系统没有被激活。这可由几种因素引起，如达不到最低疫苗剂量、活苗在接种前被灭活、或在免疫时鸡本身就有足够的免疫力等。
避免有害的反应然而，有害的疫苗反应并不能达到免疫的目的，应该尽量避免。有几种因素能影响疫苗反应的严重程度。这些因素包括鸡的质量、母源抗体水平、疫苗毒（菌）株和所接种的剂量、免疫途径、接种时间、免疫抑制、鸡舍通风和间隔时间、饮水、垫料和空气的质量。
过度的疫苗反应可以引起增重缓慢、饲料消耗及死亡率增加、治疗成本昂贵，而且可能有更高的淘汰率。然而，疫苗反应是呼吸道活苗接种后发生的正常现象，是机体免疫系统产生应答的特征。灭活苗接种也可在接种的部位产生局部反应。
肉仔鸡正常的呼吸道疫苗反应通常在接种后4天开始，并维持5天左右。因为1日龄免疫后所产生的抗体的缓冲作用，在田间加强免疫后疫苗反应通常较轻。然而，在冬季的几个月中，当鸡舍密闭保温时，空气交换减少，空气质量下降，疫苗反应较重。
在孵化后最初几小时吸入的细菌或霉菌，或卵黄中存在的细菌和真菌能使免疫复杂化，并引起气囊炎。这些鸡将对呼吸道疫苗反应几天，甚至有时持续整个发育阶段。死亡率将比平时显著升高。
鸡舍中灰尘和氨气的积累，导致呼吸道疫苗反应更加严重，而且在两次免疫之间不会完全消失。呼吸道疫苗反应通常以流泪、呼吸道罗音和头部颤抖为特征。
滚动反应疫苗的滚动反应是与常规相比持续时间和/或强度增加的反应。如果被免疫的鸡状态很差，（如脱水、脐部愈合不良，或接触大量的曲霉菌孢子等）接种呼吸道疫苗可以激发滚动反应。
引起免疫抑制的原因有传染性法氏囊病、球虫病、波氏杆菌病、霉菌毒素中毒和鸡贫血因子感染。应激反应也是引起免疫抑制的原因，在应激反应过程中，动物很难抵抗病原体的侵害。
如果鸡已经发生了疫苗反应，在疫苗反应的高峰再接种另一种呼吸道病毒疫苗，可加重疫苗反应。然而，在疾病威胁严重时还必须这样做。
同样，如果鸡群健康状况不良或正处于发病状态，这样就削弱了其清除疫苗反应的能力。当免疫时鸡正处于免疫抑制状态，疫苗反应比正常更严重。由于免疫系统遭受损伤，它们没有能力从呼吸道中消除疫苗病毒。
母源抗体如果鸡的母源抗体（MAT）水平降低，有少量母源抗体的缓冲作用，鸡对疫苗的应答将会很好。母源抗体很低的鸡疫苗反应更剧烈，但如果饲养管理好，则不一定发生“滚动”反应。然而，如果鸡群的母源抗体水平不均，那些母源抗体水平高的鸡在1日龄免疫时就不能产生足够的免疫应答，在母源抗体水平下降时，他们对不断排出的疫苗毒株敏感性升高。当致弱的活毒疫苗经过易感鸡时，可能变得比原来更具侵袭性。种母鸡的良好免疫对其后代保持均一的母源抗体是至关重要的。
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