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1、浆液性渗出（原发性水疱）阶段
FMD病毒由消化道黏膜、呼吸道黏膜或损伤的皮肤侵入机体后，首先在侵入部位的上皮细胞内迅速繁殖，引起浆液性渗出形成原发性水疱，称为第一期水疱。
此时，感染动物通常不表现临床症状或只表现轻度发热，因此往往不容易发现。
2、病毒血症阶段
通常在原发性水疱发生数小时，大量的病毒进入淋巴和血液循环系统，导致病毒血症。此时，机体产生全身性反应，一般体温升高，出现全身症状。
3、继发性水疱阶段
FMD病毒对口、鼻、舌及乳房等处的上皮细胞有极强的亲和力。继病毒血症之后1-3天，病毒随血液循环，抵达嗜好部位如口腔黏膜、舌头、鼻子、蹄冠、脚趾间、蹄底等部位的皮肤表层组织内，继续繁殖，形成继发性水疱，称作第二期水疱。
病毒还会在其他组织如胰腺、唾液腺、乳房腺泡与腺管上皮细胞、胃、直肠及肾脏的上皮细胞以及肌细胞内繁殖。
病毒在心肌组织内繁殖，致使心肌变性或者坏死而出现白色或淡灰色的斑点条纹，大家习惯称之为“虎斑心”,多见于哺乳期的仔猪。
4、转归阶段
随着第二期水疱的发展、融合、破裂，体温一般随着下降，逐渐恢复到正常，病毒从血液中逐渐减少至消失，病猪即进入恢复期。
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